[日本語] English
万見
- PDB-6ahz: The NMR Structure of the Polysialyltranseferase Domain (PSTD) in ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ahz
タイトルThe NMR Structure of the Polysialyltranseferase Domain (PSTD) in Polysialyltransferase ST8siaIV
要素CMP-N-acetylneuraminate-poly-alpha-2,8-sialyltransferase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Polysialyltransferase / Polysialyltransferase Domain / Polysialic Acid
機能・相同性
機能・相同性情報


Transferases; Glycosyltransferases; Sialyltransferases / ganglioside biosynthetic process / alpha-N-acetylneuraminate alpha-2,8-sialyltransferase activity / sialyltransferase activity / sialylation / Sialic acid metabolism / sialic acid binding / oligosaccharide metabolic process / N-glycan processing / NCAM1 interactions ...Transferases; Glycosyltransferases; Sialyltransferases / ganglioside biosynthetic process / alpha-N-acetylneuraminate alpha-2,8-sialyltransferase activity / sialyltransferase activity / sialylation / Sialic acid metabolism / sialic acid binding / oligosaccharide metabolic process / N-glycan processing / NCAM1 interactions / protein glycosylation / protein modification process / nervous system development / Golgi membrane / Golgi apparatus / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase family 29 / Sialyltransferase / GT29-like superfamiliy / Glycosyltransferase family 29 (sialyltransferase)
類似検索 - ドメイン・相同性
CMP-N-acetylneuraminate-poly-alpha-2,8-sialyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Liu, X.H. / Lu, B. / Peng, L.X. / Liao, S.M. / Zhou, F. / Chen, D. / Lu, Z.L. / Zhou, G.P. / Huang, R.B.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570061 中国
National Natural Science Foundation of China31560251 中国
引用ジャーナル: Med Chem / 年: 2019
タイトル: The Inhibition of Polysialyltranseferase ST8SiaIV Through Heparin Binding to Polysialyltransferase Domain (PSTD).
著者: Peng, L.X. / Liu, X.H. / Lu, B. / Liao, S.M. / Zhou, F. / Huang, J.M. / Chen, D. / Troy II, F.A. / Zhou, G.P. / Huang, R.B.
履歴
登録2018年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_nmr_software
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CMP-N-acetylneuraminate-poly-alpha-2,8-sialyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1281
ポリマ－4,1281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3700 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド CMP-N-acetylneuraminate-poly-alpha-2,8-sialyltransferase / Alpha-2 / 8-sialyltransferase 8D / Polysialyltransferase-1 / Sialyltransferase 8D / SIAT8-D / ...Alpha-2 / 8-sialyltransferase 8D / Polysialyltransferase-1 / Sialyltransferase 8D / SIAT8-D / Sialyltransferase St8Sia IV / ST8SiaIV


分子量: 4128.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92187, EC: 2.4.99.-

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D 1H-1H NOESY
131isotropic12D 1H-13C HSQC
141isotropic12D 1H-15N HSQC
151isotropic12D 1H-13C HSQCTOXY

-
試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 25 % v/v deturated expect hydroxyl group trifluoroethanol, 1 mM pstd_35aa, 65 % v/v H2O, 20 mM PBS, 10 % v/v D2O, 25% TFE/65% H2O/10% D2O
Label: pstd_35aa / 溶媒系: 25% TFE/65% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
25 % v/vtrifluoroethanoldeturated expect hydroxyl group1
1 mMpstd_35aanatural abundance1
65 % v/vH2Onatural abundance1
20 mMPBSnatural abundance1
10 % v/vD2Onatural abundance1
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: condition1 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent DD2 800 / 製造業者: Agilent / モデル: DD2 800 / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNMRCCPNデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VnmrJ3.2Agilentcollection
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る