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- PDB-6agz: Crystal structure of Old Yellow Enzyme from Pichia sp. AKU4542 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6agz
タイトルCrystal structure of Old Yellow Enzyme from Pichia sp. AKU4542
要素Old Yellow Enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM BARREL MOTIF / DEHYDROGENASE / FLAVOPROTEIN
機能・相同性NADPH dehydrogenase activity / Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / FMN binding / Aldolase-type TIM barrel / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Old Yellow Enzyme
機能・相同性情報
生物種Pichia (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Horita, S. / Kataoka, M. / Kitamura, N. / Nakagawa, T. / Miyakawa, T. / Ohtsuka, J. / Nagata, K. / Shimizu, S. / Tanokura, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan) 日本
引用ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / : 2019
タイトル: Structural basis of different substrate preferences of two old yellow enzymes from yeasts in the asymmetric reduction of enone compounds.
著者: Horita, S. / Kataoka, M. / Kitamura, N. / Miyakawa, T. / Ohtsuka, J. / Maejima, Y. / Shimomura, K. / Nagata, K. / Shimizu, S. / Tanokura, M.
履歴
登録2018年8月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Old Yellow Enzyme
B: Old Yellow Enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,4494
ポリマ-90,5362
非ポリマー9132
5,441302
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area28040 Å2
2
A: Old Yellow Enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7242
ポリマ-45,2681
非ポリマー4561
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area14760 Å2
手法PISA
3
B: Old Yellow Enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7242
ポリマ-45,2681
非ポリマー4561
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area14890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.450, 108.710, 89.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Old Yellow Enzyme


分子量: 45268.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pichia (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5H1ZR30*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25%(v/v) PEG 3350, 100mM Tris-HCl (pH 8.0) 200mM ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 58789 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2210精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→19.69 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2567 2955 5.04 %
Rwork0.234 --
obs0.2351 58685 97.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.54 Å2 / Biso mean: 23.1055 Å2 / Biso min: 8.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→19.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6093 0 62 302 6457
Biso mean--20.1 23.35 -
残基数----772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036294
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5768528
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042920
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031099
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7243764
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.03280.25651490.23992599274897
2.0328-2.06780.29331220.2292695281799
2.0678-2.10540.26931250.23062743286899
2.1054-2.14580.3091360.23492673280999
2.1458-2.18950.3431530.25552689284299
2.1895-2.23710.41151070.44532216232381
2.2371-2.28910.50331260.47762234236083
2.2891-2.34620.32931470.282578272595
2.3462-2.40950.26781390.2326822821100
2.4095-2.48030.32681530.22326922845100
2.4803-2.56020.23081450.222227302875100
2.5602-2.65150.2541410.225226972838100
2.6515-2.75740.26161520.226527112863100
2.7574-2.88250.23851520.229827102862100
2.8825-3.0340.27391520.230427132865100
3.034-3.22330.23731490.231527182867100
3.2233-3.47090.20631260.225927272853100
3.4709-3.81790.24991380.23722680281898
3.8179-4.36510.21641540.190927272881100
4.3651-5.47990.18861460.176627312877100
5.4799-19.69130.18561430.191427852928100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.047 Å / Origin y: 0.3118 Å / Origin z: 99.1529 Å
111213212223313233
T0.08 Å20.0216 Å2-0.0198 Å2-0.1067 Å2-0.019 Å2--0.1303 Å2
L0.1792 °20.0881 °2-0.0644 °2-0.2778 °2-0.187 °2--1.0118 °2
S-0.015 Å °-0.02 Å °0.014 Å °0.0324 Å °-0.0361 Å °-0.0172 Å °-0.0713 Å °-0.1273 Å °0.0468 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA8 - 405
2X-RAY DIFFRACTION1allA501
3X-RAY DIFFRACTION1allB8 - 405
4X-RAY DIFFRACTION1allB501
5X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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