PDB-6agz: Crystal structure of Old Yellow Enzyme from Pichia sp. AKU4542

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6agz

タイトル

Crystal structure of Old Yellow Enzyme from Pichia sp. AKU4542

要素

Old Yellow Enzyme

キーワード

OXIDOREDUCTASE / TIM BARREL MOTIF / DEHYDROGENASE / FLAVOPROTEIN

機能・相同性

NADPH dehydrogenase activity / Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / FMN binding / Aldolase-type TIM barrel / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Old Yellow Enzyme

機能・相同性情報

生物種

Pichia (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Horita, S. / Kataoka, M. / Kitamura, N. / Nakagawa, T. / Miyakawa, T. / Ohtsuka, J. / Nagata, K. / Shimizu, S. / Tanokura, M.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of different substrate preferences of two old yellow enzymes from yeasts in the asymmetric reduction of enone compounds.
著者: Horita, S. / Kataoka, M. / Kitamura, N. / Miyakawa, T. / Ohtsuka, J. / Maejima, Y. / Shimomura, K. / Nagata, K. / Shimizu, S. / Tanokura, M.

履歴

登録	2018年8月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6agz.cif.gz	320.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6agz.ent.gz	261 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6agz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6agz_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6agz_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6agz_validation.xml.gz	31.6 KB	表示
CIF形式データ	6agz_validation.cif.gz	44.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/6agz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/6agz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3e8d-d 3d0e-d 4qai-4 3e88-d 3d59-d 4qai-2 3e87-d 5akj-d 6yhd-1 2q0g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Old Yellow Enzyme

B: Old Yellow Enzyme

ヘテロ分子

91.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

2

A: Old Yellow Enzyme

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
45.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Old Yellow Enzyme

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
45.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.450, 108.710, 89.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.510, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Old Yellow Enzyme 分子量: 45268.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pichia (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5H1ZR30*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25%(v/v) PEG 3350, 100mM Tris-HCl (pH 8.0) 200mM ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→20 Å / Num. obs: 58789 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2210	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→19.69 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.43

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2567	2955	5.04 %
R_work	0.234	-	-
obs	0.2351	58685	97.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.54 Å² / B_iso mean: 23.1055 Å² / B_iso min: 8.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→19.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6093	0	62	302	6457
B_iso mean	-	-	20.1	23.35	-
残基数	-	-	-	-	772

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6294
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.576	8528
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	920
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1099
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.724	3764

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0328	0.2565	149	0.2399	2599	2748	97
2.0328-2.0678	0.2933	122	0.229	2695	2817	99
2.0678-2.1054	0.2693	125	0.2306	2743	2868	99
2.1054-2.1458	0.309	136	0.2349	2673	2809	99
2.1458-2.1895	0.343	153	0.2555	2689	2842	99
2.1895-2.2371	0.4115	107	0.4453	2216	2323	81
2.2371-2.2891	0.5033	126	0.4776	2234	2360	83
2.2891-2.3462	0.3293	147	0.28	2578	2725	95
2.3462-2.4095	0.2678	139	0.23	2682	2821	100
2.4095-2.4803	0.3268	153	0.223	2692	2845	100
2.4803-2.5602	0.2308	145	0.2222	2730	2875	100
2.5602-2.6515	0.254	141	0.2252	2697	2838	100
2.6515-2.7574	0.2616	152	0.2265	2711	2863	100
2.7574-2.8825	0.2385	152	0.2298	2710	2862	100
2.8825-3.034	0.2739	152	0.2304	2713	2865	100
3.034-3.2233	0.2373	149	0.2315	2718	2867	100
3.2233-3.4709	0.2063	126	0.2259	2727	2853	100
3.4709-3.8179	0.2499	138	0.2372	2680	2818	98
3.8179-4.3651	0.2164	154	0.1909	2727	2881	100
4.3651-5.4799	0.1886	146	0.1766	2731	2877	100
5.4799-19.6913	0.1856	143	0.1914	2785	2928	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 32.047 Å / Origin y: 0.3118 Å / Origin z: 99.1529 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.08 Å²	0.0216 Å²	-0.0198 Å²	-	0.1067 Å²	-0.019 Å²	-	-	0.1303 Å²
L	0.1792 °²	0.0881 °²	-0.0644 °²	-	0.2778 °²	-0.187 °²	-	-	1.0118 °²
S	-0.015 Å °	-0.02 Å °	0.014 Å °	0.0324 Å °	-0.0361 Å °	-0.0172 Å °	-0.0713 Å °	-0.1273 Å °	0.0468 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	8 - 405
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	501
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	8 - 405
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	501
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 302

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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