PDB-6agh: Crystal structure of EFHA1 in Apo-State

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6agh

タイトル

Crystal structure of EFHA1 in Apo-State

要素

Calcium uptake protein 2, mitochondrial

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / mitochondrial / calcium / Calcium Binding Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / Processing of SMDT1 / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniplex complex / Mitochondrial calcium ion transport / calcium import into the mitochondrion / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium ion sensor activity / Mitochondrial protein degradation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.742 Å

データ登録者

Yangfei, X. / Xue, Y. / Yuequan, S.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Dimerization of MICU Proteins Controls Ca2+Influx through the Mitochondrial Ca2+Uniporter.
著者: Xing, Y. / Wang, M. / Wang, J. / Nie, Z. / Wu, G. / Yang, X. / Shen, Y.

履歴

登録	2018年8月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6agh.cif.gz	245.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6agh.ent.gz	197.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6agh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6agh_validation.pdf.gz	440.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6agh_full_validation.pdf.gz	450.6 KB	表示
XML形式データ	6agh_validation.xml.gz	21.1 KB	表示
CIF形式データ	6agh_validation.cif.gz	28.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/6agh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/6agh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6agiC 6agjSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wad-1 4qpp-1 6y0j-d 4qpp-3 6w6d-1 4qpp-2 4hc4-1 4c03-d 6inn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Calcium uptake protein 2, mitochondrial

B: Calcium uptake protein 2, mitochondrial

79.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Calcium uptake protein 2, mitochondrial

B: Calcium uptake protein 2, mitochondrial

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
79.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.712, 63.199, 66.115
Angle α, β, γ (deg.)	92.36, 101.75, 96.74
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Calcium uptake protein 2, mitochondrial / EF-hand domain-containing family member A1 分子量: 39742.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICU2, EFHA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon Plus / 参照: UniProt: Q8IYU8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8.5, 200 mM NaCl, 1 mM EGTA, 2 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.74→50 Å / Num. obs: 17757 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.5 % / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 14.48
反射シェル	解像度: 2.74→2.8 Å / Num. unique obs: 885 / R_sym value: 0.519

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2666: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6AGJ

6agj

解像度: 2.742→38.04 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 31.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2718	1762	9.94 %
R_work	0.2134	-	-
obs	0.219	17726	96.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.742→38.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4530	0	0	14	4544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4632
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.857	6190
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.129	2759
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	670
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	777

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7424-2.8165	0.357	101	0.2983	935	X-RAY DIFFRACTION	72
2.8165-2.8994	0.3387	131	0.2748	1242	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8994-2.9929	0.3703	143	0.2778	1278	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9929-3.0998	0.3287	124	0.3015	1230	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0998-3.2239	0.337	150	0.2753	1271	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2239-3.3705	0.3208	138	0.2418	1239	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3705-3.5481	0.2689	134	0.228	1248	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5481-3.7702	0.3157	149	0.214	1269	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7702-4.061	0.2513	134	0.1968	1267	X-RAY DIFFRACTION	98
4.061-4.4691	0.2545	139	0.1812	1251	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4691-5.1145	0.2503	141	0.1792	1239	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1145-6.4386	0.2532	144	0.2258	1259	X-RAY DIFFRACTION	98
6.4386-38.0432	0.2265	134	0.1853	1236	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.71	-2.0871	2.8899	5.5338	-1.1169	5.6062	0.4897	-0.2084	-0.7441	-0.2433	-0.1846	0.3217	0.8209	-0.5775	-0.2553	0.6489	-0.1067	-0.0947	0.4715	0.0447	0.4176	85.7454	-103.4814	-94.6776
2	5.4731	6.3315	6.0348	8.5901	5.2866	8.2122	0.5617	-0.0846	0.6549	0.2709	-0.6648	0.332	0.4273	-0.6214	0.1611	0.5139	0.0096	-0.1043	0.4668	0.0368	0.3623	87.8851	-88.8183	-95.1943
3	3.895	-0.7542	-1.8446	3.8528	0.68	5.1928	-0.2079	0.4319	0.3435	-0.1458	0.0818	-0.1213	-0.2572	-0.2439	0.1625	0.6579	-0.0753	-0.1663	0.5138	0.0805	0.4894	101.9271	-76.3255	-103.042
4	7.0058	2.9814	0.0635	5.4351	-0.2184	8.3159	0.139	1.1516	0.1971	0.294	0.4343	0.02	-1.1185	-0.2799	-0.185	0.8664	0.1769	-0.1039	0.8052	0.12	0.6544	102.4329	-74.3183	-106.8222
5	8.9068	-5.2237	2.729	6.186	-1.428	2.1724	0.0693	0.7385	0.2418	0.3582	-0.0542	-1.145	-0.1357	1.0239	0.1673	0.6727	-0.0399	-0.0752	0.6685	-0.0482	0.675	121.9488	-73.7829	-81.5754
6	6.6802	-0.4269	-1.0847	4.6025	-2.0199	7.6351	-0.1934	0.4087	0.3145	-0.5427	0.22	0.1149	-0.3697	-0.651	0.0411	0.6138	-0.0136	-0.1374	0.4653	0.0118	0.5169	109.7035	-73.08	-81.4081
7	3.4062	0.9822	-0.6724	2.4664	4.2022	8.8501	-0.1143	-0.8455	-0.0985	0.9608	0.0311	-0.3673	1.1872	0.3925	-0.1306	0.7879	0.0098	-0.2157	0.6111	0.1006	0.6373	117.0864	-77.1971	-63.1036
8	3.3112	2.0458	3.3734	4.1249	-1.1734	7.468	-0.1218	-0.5709	0.7041	0.4959	0.2387	-0.0433	0.0478	0.2109	0.0499	0.9156	0.0757	-0.2206	0.7781	-0.1918	0.6165	114.688	-65.8309	-63.5169
9	4.7522	4.3859	4.3236	4.4794	3.6536	4.2572	-0.4948	-0.6524	-0.011	-0.1576	0.1056	0.9791	-0.0516	-0.474	0.1314	0.5905	0.006	-0.162	0.7197	0.1087	0.5039	105.5781	-82.2683	-68.0259
10	5.959	-5.2793	5.4292	4.8381	-5.4587	7.4244	0.3129	0.8455	0.259	-0.3523	-0.5441	-0.573	-0.4005	0.7853	0.1479	0.7875	-0.026	-0.12	0.686	0.1033	0.6971	105.0502	-99.5607	-77.2091
11	3.6025	-1.6741	3.2348	5.8919	-1.3786	9.209	-0.1794	-0.0464	-0.0858	0.417	0.3203	-0.2853	0.3821	0.1594	-0.0867	0.6759	-0.0481	-0.1164	0.5775	-0.0261	0.5315	105.4903	-103.7159	-64.0841
12	8.1637	-1.181	2.1833	7.7614	2.3093	3.0465	-0.9907	0.4361	0.3679	0.3074	0.911	0.0829	0.2042	0.039	0.1305	0.7484	-0.0642	-0.1113	0.8726	0.1914	0.548	107.3231	-105.0225	-65.5674

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 84 through 248 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 249 through 272 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 273 through 358 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 359 through 394 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 84 through 105 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 106 through 159 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 160 through 184 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 185 through 248 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 249 through 271 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 272 through 295 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 296 through 358 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 359 through 394 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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