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- PDB-6agg: Crystal structure of agmatine-AMPPCP-Mg complexed TiaS (tRNAIle2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6agg
タイトルCrystal structure of agmatine-AMPPCP-Mg complexed TiaS (tRNAIle2 agmatidine synthetase)
要素tRNA(Ile2) 2-agmatinylcytidine synthetase TiaS
キーワードLIGASE / zinc ribbon / conformational change / TiaS / tRNA modification / Zinc finger engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNAIle2-agmatinylcytidine synthase / ligase activity, forming carbon-nitrogen bonds / tRNA wobble cytosine modification / nucleic acid binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF1743 / tRNA(Ile2) 2-agmatinylcytidine synthetase TiaS / Domain of unknown function (DUF1743) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ACETATE ION / AGMATINE / AMMONIUM ION / tRNA(Ile2) 2-agmatinylcytidine synthetase TiaS
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.706 Å
データ登録者Dong, J.S. / Gong, W.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)91219202 中国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structure of tRNA-Modifying Enzyme TiaS and Motions of Its Substrate Binding Zinc Ribbon.
著者: Dong, J. / Li, F. / Gao, F. / Wei, J. / Lin, Y. / Zhang, Y. / Lou, J. / Liu, G. / Dong, Y. / Liu, L. / Liu, H. / Wang, J. / Gong, W.
履歴
登録2018年8月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Z: tRNA(Ile2) 2-agmatinylcytidine synthetase TiaS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2589
ポリマ－48,3721
非ポリマー8868
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.786, 69.786, 210.822
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 Z

#1: タンパク質 tRNA(Ile2) 2-agmatinylcytidine synthetase TiaS / tRNA(Ile2)-agm2C synthetase / tRNA(Ile2) agmatidine synthetase


分子量: 48372.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126) (古細菌)
株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: tiaS, AF_2259 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O28025, tRNAIle2-agmatinylcytidine synthase

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非ポリマー , 7種, 16分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-AG2 / AGMATINE / (4-AMINOBUTYL)GUANIDINE / アグマチン


分子量: 130.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50mM HEPES-Na pH7.0-7.2, 0.5M NH4Ac, 0.2M MgCl2, 1.5-2.5% PEG 8000
PH範囲: 6.7-7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: in liquid nitrogen stream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 14875 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 27.3 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Χ2: 1.5 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 28.6 % / Rmerge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 11 / Num. unique obs: 1461 / Χ2: 1.73 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.1_743精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.706→29.095 Å / SU ML: 0.76 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.62
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2978 735 5.01 %Random selection per shell
Rwork0.2109 ---
obs0.215 14667 97.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / Bsol: 67.781 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.6712 Å20 Å2-0 Å2
2--16.6712 Å20 Å2
3----33.3425 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.706→29.095 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3365 0 52 8 3425
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073486
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0794713
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7061327
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004613
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7064-2.91520.42481530.31142660X-RAY DIFFRACTION96
2.9152-3.20820.31271530.22062729X-RAY DIFFRACTION99
3.2082-3.67170.32371390.21732782X-RAY DIFFRACTION99
3.6717-4.62290.29331520.19772787X-RAY DIFFRACTION98
4.6229-29.09640.27041380.20132974X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0372.05211.39054.6433-0.53816.72620.2430.3075-0.082-0.82480.28630.6936-0.3254-0.0319-0.38270.76130.2019-0.06580.340.04050.57728.934813.099233.5623
21.94152.28490.28434.92880.17195.3291-0.5271.18130.4973-0.02460.1098-0.8943-0.57610.39530.30890.68810.1460.19090.51390.05680.368311.06126.621538.512
32.68731.9206-0.62775.6634-1.0537.4287-0.0420.0588-0.4176-0.27670.12460.0231-0.0127-0.5229-0.1890.59830.15460.05540.36230.03170.55376.7991.415834.8482
42.63793.24831.71395.273-0.26775.5135-0.0938-0.24410.0063-0.25070.45760.1998-0.0313-0.1468-0.13830.50890.1063-0.01310.42150.01450.57268.11294.665439.2232
54.6374-0.29890.50683.45390.32835.5768-0.3624-0.32820.89880.42470.0239-0.3463-1.66551.43550.21581.1064-0.2559-0.11950.63490.00430.57924.881823.914842.6789
63.75640.2698-0.03261.02180.74834.22210.2155-0.4435-0.6001-0.005-0.12650.5325-0.01120.1734-0.050.48180.15510.07020.36790.04750.490216.08692.453652.2419
70.58250.17480.10352.04040.38542.41160.1862-1.1358-0.49560.1892-0.2832-0.86650.25571.2042-0.09130.41750.2452-0.12811.02070.50040.66532.5332-1.79761.1095
82.2140.42641.56230.07350.29811.08590.2419-0.54330.05630.37160.5070.03040.2496-0.3613-0.8680.68080.2452-0.10921.17670.17830.722536.58551.030173.1399
94.4025-0.11772.50514.3025-0.21085.8146-0.0816-1.3578-0.1809-0.37770.0803-1.09660.2505-0.8108-0.28621.04580.0677-0.05021.1841-0.03680.841957.07481.849192.1384
101.8811-0.53222.31831.6662-1.65813.9095-0.1332-0.58420.00830.38480.0293-0.1703-0.89770.8642-0.01160.9652-0.0892-0.0661.0630.05950.598927.36312.008362.6605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'Z' and (resseq 1:44)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'Z' and (resseq 45:67)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'Z' and (resseq 68:128)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'Z' and (resseq 129:162)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'Z' and (resseq 163:238)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'Z' and (resseq 239:264)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'Z' and (resseq 265:327)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'Z' and (resseq 328:353)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'Z' and (resseq 354:384)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'Z' and (resseq 385:420)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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