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Yorodumi- PDB-6agg: Crystal structure of agmatine-AMPPCP-Mg complexed TiaS (tRNAIle2 ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6agg | ||||||
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Title | Crystal structure of agmatine-AMPPCP-Mg complexed TiaS (tRNAIle2 agmatidine synthetase) | ||||||
Components | tRNA(Ile2) 2-agmatinylcytidine synthetase TiaS | ||||||
Keywords | LIGASE / zinc ribbon / conformational change / TiaS / tRNA modification / Zinc finger engineering | ||||||
Function / homology | Function and homology information tRNAIle2-agmatinylcytidine synthase / tRNA wobble cytosine modification / ligase activity, forming carbon-nitrogen bonds / nucleic acid binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Archaeoglobus fulgidus (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.706 Å | ||||||
Authors | Dong, J.S. / Gong, W.M. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: J. Mol. Biol. / Year: 2018 Title: Structure of tRNA-Modifying Enzyme TiaS and Motions of Its Substrate Binding Zinc Ribbon. Authors: Dong, J. / Li, F. / Gao, F. / Wei, J. / Lin, Y. / Zhang, Y. / Lou, J. / Liu, G. / Dong, Y. / Liu, L. / Liu, H. / Wang, J. / Gong, W. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6agg.cif.gz | 186.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6agg.ent.gz | 156.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6agg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6agg_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6agg_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 6agg_validation.xml.gz | 20.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6agg_validation.cif.gz | 26 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/6agg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/6agg | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules Z
#1: Protein | Mass: 48372.438 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126) (archaea) Strain: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 Gene: tiaS, AF_2259 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: O28025, tRNAIle2-agmatinylcytidine synthase |
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-Non-polymers , 7 types, 16 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||||
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#3: Chemical | ChemComp-ACP / | ||||||
#4: Chemical | ChemComp-AG2 / | ||||||
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-NH4 / | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 50mM HEPES-Na pH7.0-7.2, 0.5M NH4Ac, 0.2M MgCl2, 1.5-2.5% PEG 8000 PH range: 6.7-7.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Ambient temp details: in liquid nitrogen stream |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 11, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→30 Å / Num. obs: 14875 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 27.3 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Χ2: 1.5 / Net I/σ(I): 24.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Redundancy: 28.6 % / Rmerge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 11 / Num. unique obs: 1461 / Χ2: 1.73 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.706→29.095 Å / SU ML: 0.76 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.62
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Bsol: 67.781 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.706→29.095 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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