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- PDB-6acs: poly-cis-prenyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6acs
タイトルpoly-cis-prenyltransferase
要素Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific)
キーワードTRANSFERASE / citrate / complex / undecaprenyl pyrophosphate / synthase / UPPS
機能・相同性
機能・相同性情報


ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Undecaprenyl pyrophosphate synthetase / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / ISOPROPYL ALCOHOL / Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific)
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Ko, T.-P. / Chen, Y.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
台湾
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Structure of undecaprenyl pyrophosphate synthase from Acinetobacter baumannii
著者: Ko, T.P. / Huang, C.H. / Lai, S.J. / Chen, Y.
履歴
登録2018年7月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific)
B: Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2108
ポリマ－59,5212
非ポリマー6896
水8,341463
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area22300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.222, 121.501, 45.602
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific) / Ditrans / polycis-undecaprenylcistransferase / Undecaprenyl diphosphate synthase / UDS / ...Ditrans / polycis-undecaprenylcistransferase / Undecaprenyl diphosphate synthase / UDS / Undecaprenyl pyrophosphate synthase / UPP synthase


分子量: 29760.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WP_000132222
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: uppS, ispU, ABUW_1737, AM462_03305, CBI29_02230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0D5YHU7, ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific]
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: Protein: Tris-HCl, NaCl, glycerol Reservoir: PEG 20000, isopropanol, citric acid Cryoprotectant: glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→30 Å / Num. obs: 47890 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 33.1
反射 シェル解像度: 1.81→1.87 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.312 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 4726 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JP3

1jp3


解像度: 1.81→28.881 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1818 2000 4.18 %
Rwork0.1598 --
obs0.1608 47814 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→28.881 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3638 0 46 466 4150
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073819
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2552282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005670
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.81-1.8550.26791380.2313149X-RAY DIFFRACTION97
1.8548-1.90490.22211420.20143268X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4308-0.39780.14840.46920.21080.51050.05490.07040.0921-0.1122-0.0220.31160.0971-0.0408-00.2321-0.0093-0.03440.21510.0090.223824.719230.859831.0382
20.3123-0.2585-0.08870.49140.19320.0833-0.0136-0.0135-0.14940.0222-0.0426-0.05710.24850.1911-00.247-0.0025-0.01270.20420.00820.182128.944224.535935.5992
30.21-0.0111-0.03930.41380.25540.1353-0.05960.1765-0.655-0.0396-0.0901-0.08580.2706-0.13660.00020.32980.0117-0.0210.2881-0.01010.420532.423112.459838.7146
40.474-0.25470.19410.739-0.08040.03690.06980.0558-0.15430.0423-0.0377-0.0665-0.0270.2735-00.23510.0248-0.01060.24640.00010.232439.905321.362239.3802
50.2224-0.28370.03310.36330.33331.1291-0.03770.06620.1149-0.0320.0432-0.0114-0.04830.07380.00060.1982-0.01380.00380.20270.00910.194132.955635.714945.03
60.184-0.0711-0.00170.3454-0.1310.1405-0.17820.26520.01170.16040.32210.0004-0.10570.05670.00780.3481-0.0018-0.01740.34370.06380.254824.137541.387328.6224
70.5011-0.01260.14470.23780.25960.39270.0779-0.08740.1171-0.0998-0.15060.07650.0322-0.077200.18470.01110.00550.1977-0.01370.29889.531748.668552.7948
80.36160.02820.33360.120.21350.4941-0.08-0.13210.294-0.40990.1527-0.19630.049-0.0106-0.030.2934-0.02110.08490.18870.01230.379321.003752.95650.4286
90.1558-0.22420.14030.2949-0.17110.2067-0.19310.05620.19730.0318-0.1964-0.16820.0106-0.3362-0.00230.51540.11470.01330.4518-0.05410.580219.152264.728356.4306
100.26740.01420.18070.22480.12690.19650.0033-0.63290.30670.4264-0.0235-0.3972-0.24810.1871-0.0020.3479-0.0081-0.03920.313-0.11750.426725.236358.27862.8023
111.2132-0.1918-0.04680.48640.12110.48790.0131-0.07190.13670.0162-0.0140.01720.0064-0.023900.20150.00140.00650.17530.00420.205422.578943.121653.2883
12-0.0228-0.0111-0.00482.19870.2620.0366-0.0969-0.08660.3122-0.10340.1673-0.376-0.05860.20710.01810.34510.0049-0.04871.0058-0.02780.307711.988431.147563.7272
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1( chain 'A' and resid 3 through 41 )
2X-RAY DIFFRACTION2( chain 'A' and resid 42 through 70 )
3X-RAY DIFFRACTION3( chain 'A' and resid 71 through 94 )
4X-RAY DIFFRACTION4( chain 'A' and resid 95 through 138 )
5X-RAY DIFFRACTION5( chain 'A' and resid 139 through 217 )
6X-RAY DIFFRACTION6( chain 'A' and resid 218 through 240 )
7X-RAY DIFFRACTION7( chain 'B' and resid 6 through 52 )
8X-RAY DIFFRACTION8( chain 'B' and resid 53 through 70 )
9X-RAY DIFFRACTION9( chain 'B' and resid 71 through 95 )
10X-RAY DIFFRACTION10( chain 'B' and resid 96 through 123 )
11X-RAY DIFFRACTION11( chain 'B' and resid 124 through 235 )
12X-RAY DIFFRACTION12( chain 'B' and resid 236 through 253 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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