PDB-6aab: Thanatin in presence of DPC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6aab

タイトル

Thanatin in presence of DPC

要素

Thanatin

キーワード

ANTIBIOTIC

機能・相同性

defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region / Thanatin

機能・相同性情報

生物種

Podisus maculiventris (昆虫)

手法

溶液NMR / na

データ登録者

Sinha, S. / Bhattacharjya, S.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Thanatin in presence of DPC
著者: Sinha, S. / Bhattacharjya, S.

履歴

登録	2018年7月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6aab.cif.gz	148.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6aab.ent.gz	111.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6aab.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6aab_validation.pdf.gz	373.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6aab_full_validation.pdf.gz	472.2 KB	表示
XML形式データ	6aab_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	6aab_validation.cif.gz	12.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/6aab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/6aab	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2mhw-d 5ykq-d 2mty-d 5giw-d 1ad7-d 5ykl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36201Free Thanatin at 298K

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thanatin

2.44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Thanatin 分子量: 2441.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Podisus maculiventris (昆虫) / 参照: UniProt: P55788
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D TOCSY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 0.28 mM thanatin, 90% H2O/10% D2O / Label: thanatin / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 0.28 mM / 構成要素: thanatin / Isotopic labeling: none
試料状態	イオン強度: 125 mM / Label: conditions_1 / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
Sparky	Goddard	chemical shift assignment
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
TopSpin	Bruker Biospin	collection
CYANA		精密化

精密化

手法: na / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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