PDB-6a99: Crystal structure of a Stig cyclases Fisc from Fischerella sp. TA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a99

タイトル

Crystal structure of a Stig cyclases Fisc from Fischerella sp. TAU in complex with (3Z)-3-(1-methyl-2-pyrrolidinylidene)-3H-indole

要素

aromatic prenyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / prenyltransferase

機能・相同性

: / HpiC1 cyclase / metal ion binding / (3~{Z})-3-(1-methylpyrrolidin-2-ylidene)indole / FisC

機能・相同性情報

生物種

Fischerella sp. UTEX 'LB 1931' (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Hu, X.Y. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: The Crystal Structure of a Class of Cyclases that Catalyze the Cope Rearrangement
著者: Chen, C.C. / Hu, X. / Tang, X. / Yang, Y. / Ko, T.P. / Gao, J. / Zheng, Y. / Huang, J.W. / Yu, Z. / Li, L. / Han, S. / Cai, N. / Zhang, Y. / Liu, W. / Guo, R.T.

履歴

登録	2018年7月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a99.cif.gz	174.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a99.ent.gz	135.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a99.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/6a99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/6a99	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yvkSC 5yvlC 5yvpC 5z53C 5z54C 5zfjC 6a8xC 6a92C 6a98C 6a9fC 6aduC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5z54-2 6a9f-1 7b9b-d 5yvp-2 6a9f-2 6a92-1 5vt9-d 5wps-1 5n7g-2 6jf9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: aromatic prenyltransferase

B: aromatic prenyltransferase

C: aromatic prenyltransferase

D: aromatic prenyltransferase

ヘテロ分子

97.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: aromatic prenyltransferase

B: aromatic prenyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: aromatic prenyltransferase

ヘテロ分子

C: aromatic prenyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.454, 82.398, 136.575
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	aromatic prenyltransferase 分子量: 24116.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Fischerella sp. UTEX 'LB 1931' (バクテリア) 遺伝子: fisC / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1P8VSL7
#2: 化合物	ChemComp-9UL / (3~{Z})-3-(1-methylpyrrolidin-2-ylidene)indole 分子量: 198.264 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₄N₂
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.13 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.0M sodium citrate, 0.1M Imidazole pH 8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月19日

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.29→25 Å / Num. obs: 36512 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 1.336 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 147545

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.32-2.4	3.9	0.422	3354	0.859	0.241	0.487	0.509	98.3
2.4-2.5	4.3	0.359	3413	0.91	0.193	0.408	0.521	99.9
2.5-2.61	4.4	0.275	3417	0.944	0.147	0.312	0.552	100
2.61-2.75	4.4	0.201	3430	0.968	0.108	0.229	0.71	99.9
2.75-2.92	4.4	0.135	3438	0.987	0.073	0.154	0.671	100
2.92-3.15	4.4	0.084	3439	0.994	0.045	0.096	0.845	100
3.15-3.46	4.3	0.055	3469	0.997	0.03	0.063	1.071	100
3.46-3.96	4.3	0.046	3484	0.997	0.025	0.053	1.057	99.9
3.96-4.99	4.2	0.054	3519	0.995	0.03	0.062	1.99	99.9
4.99-25	4	0.049	3683	0.993	0.027	0.057	5.43	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YVK

5yvk

解像度: 2.29→24.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 8.353 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.366 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2415	1770	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18738	-	-	-
obs	0.19005	34521	99.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.838 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.31 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.29→24.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6108	0	86	168	6362

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.014	6400
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5607
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.467	1.684	8667
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.816	1.649	13139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.199	5	793
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.654	23.795	303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.735	15	933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.864	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	834
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7181
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.652	5.098	3213
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.648	5.097	3211
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.33	7.632	3975
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.331	7.633	3976
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.14	5.593	3187
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.137	5.589	3185
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.302	8.216	4692
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.536	97.297	27351
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.536	97.297	27344
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.29→2.349 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	119	-
R_work	0.284	2387	-
obs	-	-	94.67 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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