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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6a86 | ||||||
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タイトル | Pholiota squarrosa lectin | ||||||
![]() | lectin![]() | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | (3R)-butane-1,3-diol / Lectin (PhoSL)![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yamasaki, K. / Yamasaki, T. / Kubota, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for specific recognition of core fucosylation in N-glycans by Pholiota squarrosa lectin (PhoSL). 著者: Yamasaki, K. / Kubota, T. / Yamasaki, T. / Nagashima, I. / Shimizu, H. / Terada, R.I. / Nishigami, H. / Kang, J. / Tateno, M. / Tateno, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | ![]() 分子量: 4440.958 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A384E107*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-BU4 / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.27 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.8 M potassium-sodium phosphate (pH 7.0), 5% 1,3-butanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 28520 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 42.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.391 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5XZK 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.012 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.127 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.655 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→50 Å
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拘束条件 |
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