[日本語] English
万見
- PDB-6a85: Crystal structure of a novel DNA quadruplex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a85
タイトルCrystal structure of a novel DNA quadruplex
要素DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*CP*GP*TP*T)-3')
キーワードDNA / quadruplex
機能・相同性: / AMMONIUM ION / LEAD (II) ION / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Liu, H.H. / Gan, J.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31370728 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: High-resolution DNA quadruplex structure containing all the A-, G-, C-, T-tetrads.
著者: Liu, H.H. / Wang, R. / Yu, X. / Shen, F.S. / Lan, W.X. / Haruehanroengra, P. / Yao, Q.Q. / Zhang, J. / Chen, Y.Q. / Li, S.H. / Wu, B.X. / Zheng, L.N. / Ma, J.B. / Lin, J.Z. / Cao, C.Y. / Li, ...著者: Liu, H.H. / Wang, R. / Yu, X. / Shen, F.S. / Lan, W.X. / Haruehanroengra, P. / Yao, Q.Q. / Zhang, J. / Chen, Y.Q. / Li, S.H. / Wu, B.X. / Zheng, L.N. / Ma, J.B. / Lin, J.Z. / Cao, C.Y. / Li, J.X. / Sheng, J. / Gan, J.H.
履歴
登録2018年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*CP*GP*TP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*CP*GP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,18717
ポリマ－10,6952
非ポリマー49215
水2,720151
1
A: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*CP*GP*TP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*CP*GP*TP*T)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*CP*GP*TP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*CP*GP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,37434
ポリマ－21,3904
非ポリマー98430
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area13190 Å2
ΔGint-301 kcal/mol
Surface area6200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.822, 46.651, 51.311
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

LI

21A-102-

LI

31A-103-

NA

41A-104-

NA

51A-105-

NA

61A-106-

NA

71A-107-

NA

81A-108-

NA

91A-109-

NA

101A-110-

NA

111A-111-

NA

121A-112-

PB

131A-113-

NA

141B-101-

NA

151B-102-

NH4

-
要素

-
DNA鎖 , 1種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*CP*GP*TP*T)-3')


分子量: 5347.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 166分子

#2: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PB / LEAD (II) ION


分子量: 207.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#5: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.88 % / 解説: Rod
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 100mM CAPS-NaOH pH 10.5, 200mM Li2SO4, 2.0M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 16016 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 12.8 % / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 64.8
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 11.5 % / Num. unique obs: 1424 / Rsym value: 0.262 / % possible all: 87.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→25.496 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1689 785 4.92 %
Rwork0.1364 --
obs0.138 15970 95.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→25.496 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 712 15 151 878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009802
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1691240
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d31.769332
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053134
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01534
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4504-1.54130.18531300.14062322X-RAY DIFFRACTION90
1.5413-1.66030.17411100.12432552X-RAY DIFFRACTION97
1.6603-1.82730.15241210.12352561X-RAY DIFFRACTION98
1.8273-2.09160.16911380.13452572X-RAY DIFFRACTION99
2.0916-2.63480.15621430.14462616X-RAY DIFFRACTION99
2.6348-25.49980.17731430.13842562X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.56390.21340.19430.7383-0.10273.0666-0.0119-0.0843-0.02080.09460.06370.0197-0.0712-0.1678-0.05160.09410.03760.00250.09640.00650.112817.25080.2827-16.5036
20.5134-0.0544-0.69450.3463-0.19872.1012-0.0325-0.06520.0380.0930.07230.0051-0.12690.1472-0.0420.1070.0101-0.00590.07920.00020.112619.95262.117-15.6118
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 1:17)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 1:17)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る