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- PDB-6a4w: AcrR from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a4w
タイトルAcrR from Mycobacterium tuberculosis
要素TetR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
BetI-type transcriptional repressor, C-terminal / BetI-type transcriptional repressor, C-terminal / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily ...BetI-type transcriptional repressor, C-terminal / BetI-type transcriptional repressor, C-terminal / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator AcrR / Probable transcriptional regulatory protein (Probably TetR/AcrR-family)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.587 Å
データ登録者Kang, S.M. / Kim, D.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)2018R1A2A1A19018526 韓国
引用ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2019
タイトル: The crystal structure of AcrR from Mycobacterium tuberculosis reveals a one-component transcriptional regulation mechanism.
著者: Kang, S.M. / Kim, D.H. / Jin, C. / Ahn, H.C. / Lee, B.J.
履歴
登録2018年6月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR family transcriptional regulator
B: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5498
ポリマ－51,1962
非ポリマー3536
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.154, 118.154, 90.906
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 TetR family transcriptional regulator


分子量: 25598.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: acrR, ERS007657_03305, ERS007663_01106, ERS007670_02655, ERS007672_02023, ERS007679_02277, ERS007681_02293, ERS007688_01622, ERS007703_02625, ERS007722_01260, ERS023446_03575, ERS027646_ ...遺伝子: acrR, ERS007657_03305, ERS007663_01106, ERS007670_02655, ERS007672_02023, ERS007679_02277, ERS007681_02293, ERS007688_01622, ERS007703_02625, ERS007722_01260, ERS023446_03575, ERS027646_00827, ERS027651_03158, ERS027653_04028, ERS027654_02941, ERS027659_02538, ERS027661_02360, ERS031537_01877, ERS124361_02153, SAMEA2682864_00974, SAMEA2683035_01767
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045J2D2, UniProt: O07229*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1260 mM Ammonium sulfate 100 mM MES/ Sodium hydroxide pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.587→50 Å / Num. obs: 21205 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 5.9 % / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 1086 / Rpim(I) all: 0.282

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A4L

6a4l


解像度: 2.587→49.536 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2489 1085 5.12 %
Rwork0.1997 --
obs0.2021 21184 93.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.587→49.536 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3100 0 19 67 3186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063165
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3314290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9631176
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04484
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004559
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5869-2.70460.28071380.23922424X-RAY DIFFRACTION91
2.7046-2.84720.27451510.23382557X-RAY DIFFRACTION96
2.8472-3.02550.34281150.23682594X-RAY DIFFRACTION96
3.0255-3.25910.27651350.23172563X-RAY DIFFRACTION96
3.2591-3.5870.27521540.22172524X-RAY DIFFRACTION95
3.587-4.10580.23871410.19222508X-RAY DIFFRACTION94
4.1058-5.1720.22361340.17112440X-RAY DIFFRACTION91
5.172-49.54480.20441170.17682489X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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