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万見
- PDB-6a4j: Crystal structure of Thioredoxin reductase 2 from Staphylococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a4j
タイトルCrystal structure of Thioredoxin reductase 2 from Staphylococcus aureus
要素Ferredoxin--NADP reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavoenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / cell redox homeostasis / monooxygenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin--NADP reductase, type 2 / : / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Ferredoxin--NADP reductase / Ferredoxin--NADP reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Bose, M. / Bhattacharyya, S. / Ghosh, A.K. / Das, A.K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
BT/326/NE/TBP/2012, Dated: 06-12-2012 インド
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2019
タイトル: Elucidation of the mechanism of disulfide exchange between staphylococcal thioredoxin2 and thioredoxin reductase2: A structural insight.
著者: Bose, M. / Bhattacharyya, S. / Biswas, R. / Roychowdhury, A. / Bhattacharjee, A. / Ghosh, A.K. / Das, A.K.
履歴
登録2018年6月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2018年7月11日ID: 5ZBV
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin--NADP reductase
B: Ferredoxin--NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1484
ポリマ－76,5772
非ポリマー1,5712
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8750 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area26970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.614, 90.934, 141.458
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ferredoxin--NADP reductase / thioredoxin reductase / Fd-NADP(+) reductase


分子量: 38288.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: trxB_2, EP54_04310, EQ90_00075, RK60_12235, RK64_12650, RK68_02995, RK73_09520, RK98_08250, RL06_05030, SAMEA3448991_00661
プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009
参照: UniProt: A0A1Q4GXS1, UniProt: Q2FVP8*PLUS, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M sodium malonate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年11月28日 / 詳細: varimax osmic mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→19.861 Å / Num. obs: 14419 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.1193 / Rpim(I) all: 0.1193 / Rrim(I) all: 0.1687 / Net I/σ(I): 6.01
反射 シェル解像度: 3.4→19.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.3953 / Num. unique obs: 1427 / CC1/2: 0.658 / Rpim(I) all: 0.3953 / Rrim(I) all: 0.559

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TWC

5twc


解像度: 3.4→19.861 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2666 733 5.08 %
Rwork0.2411 --
obs0.2426 14416 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→19.861 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5137 0 106 0 5243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045355
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9317292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.6473100
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058841
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003913
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.6610.28891560.28842672X-RAY DIFFRACTION100
3.661-4.02670.3151390.25322698X-RAY DIFFRACTION100
4.0267-4.6030.27121400.22212730X-RAY DIFFRACTION100
4.603-5.77560.22951490.23552726X-RAY DIFFRACTION100
5.7756-19.86090.25611490.23062857X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.6846 Å / Origin y: 16.8835 Å / Origin z: -53.5689 Å
111213212223313233
T0.2513 Å2-0.0415 Å2-0.0178 Å2-0.2208 Å2-0.0441 Å2--0.2764 Å2
L0.6402 °2-0.1631 °20.1406 °2-0.2802 °2-0.2258 °2--0.698 °2
S0.0712 Å °0.0397 Å °-0.0838 Å °-0.0062 Å °-0.0283 Å °0.0374 Å °0.0261 Å °-0.0859 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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