PDB-6a41: Dehalogenation enzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a41

タイトル

Dehalogenation enzyme

要素

dehalogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dehalogenation

機能・相同性

Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / Dehalogenase

機能・相同性情報

生物種

Rhodospirillaceae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Yin, B. / Yuan, A.Y.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a new dehalogenase at 1.9 Angstroms resolution
著者: Yin, B. / Yuan, A.Y.

履歴

登録	2018年6月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a41.cif.gz	100.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a41.ent.gz	81.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a41.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6a41_validation.pdf.gz	420.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6a41_full_validation.pdf.gz	421.2 KB	表示
XML形式データ	6a41_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	6a41_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/6a41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/6a41	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3aut-1 4one-d 2fhs-2 6gey-d 3aus-1 4ure-1 5x8h-d 2x9v-d 6y15-1 6y0s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: dehalogenase

26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: dehalogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.895, 113.570, 141.926
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-429- HOH

#1: タンパク質	dehalogenase 分子量: 26209.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodospirillaceae (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5H1ZR29*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M Tris pH 8.5, 25% W/V Polyethylene Glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→70.96 Å / Num. obs: 18318 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 50.6
反射シェル	解像度: 1.97→2.024 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.97→70.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 4.895 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.122 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18317	942	4.9 %	RANDOM
R_work	0.14567	-	-	-
obs	0.14755	18318	98.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.122 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.38 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.36 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.97→70.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1822	0	0	183	2005

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.019	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.208	1.978	2527
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.18	3	4096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.312	5	243
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.167	22.703	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.693	15	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.411	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.151	0.2	287
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	2100
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	379
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.132	1.181	975
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.127	1.181	974
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.701	1.762	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.701	1.762	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.408	1.551	886
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.407	1.551	887
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.77	2.174	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.617	15.911	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.496	15.622	2081
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.973→2.024 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.182	56	-
R_work	0.128	1289	-
obs	-	-	94.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 2.9576 Å / Origin y: 15.9526 Å / Origin z: 14.7351 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0107 Å²	0.0003 Å²	0.0046 Å²	-	0.007 Å²	-0.0044 Å²	-	-	0.0065 Å²
L	0.213 °²	0.0066 °²	-0.0142 °²	-	0.3352 °²	0.0606 °²	-	-	0.1646 °²
S	0.0103 Å °	0.0113 Å °	0.0126 Å °	0.0345 Å °	0.018 Å °	-0.009 Å °	-0.0262 Å °	0.0162 Å °	-0.0283 Å °

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