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- PDB-6a3l: Crystal structure of cytochrome c' from Shewanella violacea DSS12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a3l
タイトルCrystal structure of cytochrome c' from Shewanella violacea DSS12
要素Cytochrome c
キーワードELECTRON TRANSPORT / Cytochrome c' / Shewanella
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class II / Cytochrome c prime / Cytochrome C' / Cytochrome c class II profile. / Cytochrome c/b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella violacea (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Suka, A. / Oki, H. / Kato, Y. / Kawahara, K. / Ohkubo, T. / Maruno, T. / Kobayashi, Y. / Fujii, S. / Wakai, S. / Sambongi, Y.
引用ジャーナル: Extremophiles / 年: 2019
タイトル: Stability of cytochromes c' from psychrophilic and piezophilic Shewanella species: implications for complex multiple adaptation to low temperature and high hydrostatic pressure.
著者: Suka, A. / Oki, H. / Kato, Y. / Kawahara, K. / Ohkubo, T. / Maruno, T. / Kobayashi, Y. / Fujii, S. / Wakai, S. / Lisdiana, L. / Sambongi, Y.
履歴
登録2018年6月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年10月2日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c
B: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5634
ポリマ－28,3262
非ポリマー1,2372
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area13280 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)44.751, 69.707, 45.598
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.190, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth seq-ID: 1 - 129 / Label seq-ID: 1 - 129

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c


分子量: 14163.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella violacea (strain JCM 10179 / CIP 106290 / LMG 19151 / DSS12) (バクテリア)
株: JCM 10179 / CIP 106290 / LMG 19151 / DSS12 / 遺伝子: SVI_0970 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D4ZGZ2
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.4 / 詳細: 100 mM CAPS (pH 9.4), 26 % (v/v) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→37.49 Å / Num. obs: 14369 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.25 % / Biso Wilson estimate: 38.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 1.17 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 61600 / Scaling rejects: 462
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRrim(I) allΧ2% possible all
2.14-2.224.220.4512.714160.5171.27100
2.22-2.314.240.4112.714260.471.22100
2.31-2.414.290.343.214420.3881.22100
2.41-2.544.260.3113.514340.3561.2100
2.54-2.74.290.2753.814340.3141.19100
2.7-2.94.280.215.314180.2411.2399.9
2.9-3.24.250.1676.714650.1911.2599.9
3.2-3.664.20.09910.114140.1141.1799.4
3.66-4.614.240.06516.314530.0740.9699.7
4.61-37.494.280.04523.414670.0511.0299.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREK9.9.9.8 W9DSSIデータスケーリング
d*TREKデータ削減
CrystalClearデータ収集
PHENIX位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.14→22.572 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 1423 10.03 %
Rwork0.2146 --
obs0.2203 14188 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 78.32 Å2 / Biso mean: 48.2045 Å2 / Biso min: 30.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.14→22.572 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1980 0 86 70 2136
Biso mean--40.37 46.48 -
残基数----258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092118
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0782854
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.478764
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1146X-RAY DIFFRACTION7.559TORSIONAL
12B1146X-RAY DIFFRACTION7.559TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1401-2.21650.34621330.3591241137497
2.2165-2.30520.36141390.33831249138897
2.3052-2.410.40771390.30221267140698
2.41-2.53690.3671440.28751276142099
2.5369-2.69560.35091370.28491284142199
2.6956-2.90330.37711490.28081257140699
2.9033-3.19470.33741440.265313081452100
3.1947-3.65530.27031430.20231272141599
3.6553-4.59890.2051500.16113001450100
4.5989-22.57290.19721450.14951311145699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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