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万見
- PDB-6a28: Crystal structure of PprA W183R mutant form 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a28
タイトルCrystal structure of PprA W183R mutant form 2
要素DNA repair protein PprA
キーワードDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性cellular response to desiccation / cellular response to gamma radiation / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / DNA repair / DNA repair protein PprA
機能・相同性情報
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.193 Å
データ登録者Adachi, M. / Shibazaki, C. / Shimizu, R. / Arai, S. / Satoh, K. / Narumi, I. / Kuroki, R.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)19370046 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)19380054 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP16KT0063 日本
引用ジャーナル: FASEB J. / 年: 2019
タイトル: Extended structure of pleiotropic DNA repair-promoting protein PprA from Deinococcus radiodurans.
著者: Adachi, M. / Shimizu, R. / Shibazaki, C. / Satoh, K. / Fujiwara, S. / Arai, S. / Narumi, I. / Kuroki, R.
履歴
登録2018年6月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein PprA
B: DNA repair protein PprA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6633
ポリマ－61,5672
非ポリマー961
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area22860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.226, 79.293, 264.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 DNA repair protein PprA / Pleiotropic protein promoting DNA repair


分子量: 30783.566 Da / 分子数: 2 / 変異: W183R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: pprA, DR_A0346 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O32504
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris buffer (pH 8.5) containing 0.2 M LiSO4 and 30% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 0.97965 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.193→46.9 Å / Num. obs: 30255 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 36.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 1496 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6A29

6a29


解像度: 2.193→32.108 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.14
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2352 1510 5 %Random selection
Rwork0.1898 ---
obs0.1921 30195 94.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.193→32.108 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3518 0 5 232 3755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083584
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0854867
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0911265
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043546
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004649
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1929-2.26370.26591300.2082456X-RAY DIFFRACTION90
2.2637-2.34460.26611350.19442583X-RAY DIFFRACTION94
2.3446-2.43840.25551330.19472533X-RAY DIFFRACTION94
2.4384-2.54930.25171340.19972540X-RAY DIFFRACTION94
2.5493-2.68370.22191340.19542545X-RAY DIFFRACTION93
2.6837-2.85170.25791350.21412573X-RAY DIFFRACTION94
2.8517-3.07170.29051360.20712581X-RAY DIFFRACTION93
3.0717-3.38050.271350.20432541X-RAY DIFFRACTION94
3.3805-3.8690.22981390.18132662X-RAY DIFFRACTION96
3.869-4.87180.18411480.16332789X-RAY DIFFRACTION99
4.8718-32.1110.23141510.19342882X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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