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万見
- PDB-6a20: Crystal Structure of auto-inhibited Kinesin-3 KIF13B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a20
タイトルCrystal Structure of auto-inhibited Kinesin-3 KIF13B
要素Kinesin family member 13B
キーワードTRANSPORT PROTEIN / kinesin / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / paranode region of axon / cytoskeleton-dependent intracellular transport / microtubule motor activity / kinesin complex / regulation of axonogenesis / microtubule-based movement / microvillus / 14-3-3 protein binding ...Kinesins / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / paranode region of axon / cytoskeleton-dependent intracellular transport / microtubule motor activity / kinesin complex / regulation of axonogenesis / microtubule-based movement / microvillus / 14-3-3 protein binding / microtubule binding / microtubule / axon / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Kinesin-like / Kinesin protein / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY ...Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Kinesin-like / Kinesin protein / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY / Kinesin-associated / Kinesin-associated / Kinesin motor domain / Kinesin / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / SMAD/FHA domain superfamily / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Kinesin family member 13B
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ren, J.Q. / Wang, S. / Feng, W.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Coiled-coil 1-mediated fastening of the neck and motor domains for kinesin-3 autoinhibition.
著者: Ren, J.Q. / Wang, S. / Chen, H. / Wang, W.J. / Huo, L. / Feng, W.
履歴
登録2018年6月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin family member 13B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7285
ポリマ－48,9701
非ポリマー7584
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.070, 75.070, 91.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Kinesin family member 13B / Kinesin-3 KIF13B


分子量: 48970.270 Da / 分子数: 1 / 変異: Y73C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kif13b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G2K8Z9
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.31 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M proline, 0.1M HEPES, pH 7.5, 14% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 22223 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.615 / Num. unique obs: 3271

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZBS

5zbs


解像度: 2.4→30.639 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 1155 5.2 %
Rwork0.1934 --
obs0.1962 22215 98.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30.639 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3037 0 48 195 3280
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023193
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6024314
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5191191
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002551
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4003-2.50950.3471440.27682655X-RAY DIFFRACTION99
2.5095-2.64170.31211400.26112640X-RAY DIFFRACTION99
2.6417-2.80710.30121440.2462654X-RAY DIFFRACTION99
2.8071-3.02370.28421520.23122626X-RAY DIFFRACTION99
3.0237-3.32760.29071460.2182642X-RAY DIFFRACTION99
3.3276-3.80840.26321520.18012654X-RAY DIFFRACTION99
3.8084-4.79520.21141350.15892547X-RAY DIFFRACTION96
4.7952-30.64110.1921420.16412642X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.66330.6345-0.81171.5128-0.52711.78650.08680.12960.23370.17710.02610.197-0.3572-0.1691-0.12670.4550.0172-0.02760.31310.06940.39932.63818.3117-3.7046
22.64740.26530.20261.68671.35964.46410.02360.1296-0.16460.17510.0746-0.19660.0980.5824-0.07350.3198-0.0101-0.05450.35490.07870.415223.00931.6915-8.1358
33.1020.0793-0.61410.25670.24191.4971-0.02890.0145-0.04950.23220.0216-0.16980.02250.5583-0.030.4841-0.0147-0.04660.50020.07680.484629.36555.8371-7.9807
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 121 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 122 through 304 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 305 through 433 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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