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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zur | ||||||
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タイトル | Achromobacter Dh1f Bacterioferritin | ||||||
![]() | Bacterioferritin | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / Bacteriferritin / heme / iron | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dwivedy, A. / Jha, B. / Singh, K.H. / Ahmed, M. / Ashraf, A. / Kumar, D. / Biswal, B.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Serendipitous crystallization and structure determination of bacterioferritin from Achromobacter. 著者: Dwivedy, A. / Jha, B. / Singh, K.H. / Ahmad, M. / Ashraf, A. / Kumar, D. / Biswal, B.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2fl0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 8||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 18313.785 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 683分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/BA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/BA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PEG / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | The sequence the authors used is NCBI protein database WP_025139974. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.69 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Sodium acetate tetrahydrate, 0.1 M sodium cacodylate tetrahydrate pH 6.5, 30%(w/v), PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95372 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 54638 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 14.74 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.551 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5355 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2FL0 解像度: 1.95→40.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 2.606 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.11 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.005 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.95→40.7 Å
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拘束条件 |
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