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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zu3 | ||||||
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タイトル | Effect of mutation (R554K) on FAD modification in Aspergillus oryzae RIB40formate oxidase | ||||||
![]() | Formate oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Formate oxidase / 8-formyl-FAD / effect of mutation | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / secondary metabolite biosynthetic process / flavin adenine dinucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mikami, B. / Uchida, H. / Doubayashi, D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The microenvironment surrounding FAD mediates its conversion to 8-formyl-FAD in Aspergillus oryzae RIB40 formate oxidase. 著者: Doubayashi, D. / Oki, M. / Mikami, B. / Uchida, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 359.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 291 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 66.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 93.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64288.738 Da / 分子数: 3 / 変異: R554K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 42149 / RIB 40 / 遺伝子: AO090012000349 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 % / 解説: rectangle plate (0.3 x 0.3 x 0.03) |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate buffer pH 4.6, 6%(w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 84392 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 28.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique obs: 4066 / % possible all: 92.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→38.866 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.27
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.866 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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