PDB-5zu2: Effect of mutation (R554A) on FAD modification in Aspergillus ory...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zu2

タイトル

Effect of mutation (R554A) on FAD modification in Aspergillus oryzae RIB40formate oxidase

要素

formate oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Formate oxidase / 8-formyl-FAD / effect of mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / secondary metabolite biosynthetic process / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus oryzae (米麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.441 Å

データ登録者

Mikami, B. / Uchida, H. / Doubayashi, D.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2019
タイトル: The microenvironment surrounding FAD mediates its conversion to 8-formyl-FAD in Aspergillus oryzae RIB40 formate oxidase.
著者: Doubayashi, D. / Oki, M. / Mikami, B. / Uchida, H.

履歴

登録	2018年5月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zu2.cif.gz	355.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zu2.ent.gz	287.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zu2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/5zu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/5zu2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zu3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zu3-3 5zu3-2 5la7-d 6ggj-d 3wwg-4 3fim-d 3cqi-d 5zu3-1 6gnf-3 4tvz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: formate oxidase

B: formate oxidase

C: formate oxidase

ヘテロ分子

196 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: formate oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
65.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: formate oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: formate oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.320, 156.935, 184.601
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-837- HOH
2	1	A-885- HOH
3	1	C-786- HOH

#1: タンパク質	formate oxidase 分子量: 64230.637 Da / 分子数: 3 / 変異: R554A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (strain ATCC 42149 / RIB 40) (米麹菌) 株: ATCC 42149 / RIB 40 / 遺伝子: AO090012000349 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q2UD26
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.2 % / 解説: rectangle plate (0.3 x 0.3 x 0.02 mm)
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 Msodium acetate buffer pH 4.6, 6%(w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 81054 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 25.4
反射シェル	解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 8070 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.441→38.83 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.63

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2329	3928	4.87 %	Random selection
R_work	0.1836	-	-	-
obs	0.186	80687	96.45 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.441→38.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13563	0	203	416	14182

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	14120
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.246	19194
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.213	9447
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	2064
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2499

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4411-2.4708	0.3447	105	0.2563	2280	X-RAY DIFFRACTION	81
2.4708-2.5021	0.2854	151	0.2455	2756	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5021-2.535	0.3575	141	0.2448	2725	X-RAY DIFFRACTION	97
2.535-2.5698	0.3168	124	0.2434	2753	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5698-2.6065	0.2877	119	0.2391	2756	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6065-2.6454	0.2893	157	0.2352	2740	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6454-2.6867	0.2689	126	0.2293	2784	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6867-2.7307	0.3166	144	0.2359	2704	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7307-2.7778	0.2953	159	0.2336	2735	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7778-2.8283	0.3039	139	0.2271	2791	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8283-2.8827	0.2675	130	0.223	2737	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8827-2.9415	0.3105	147	0.232	2735	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9415-3.0054	0.322	146	0.2308	2730	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0054-3.0753	0.2895	140	0.2154	2768	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0753-3.1522	0.3018	149	0.2176	2739	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1522-3.2374	0.2573	131	0.2152	2776	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2374-3.3326	0.2605	139	0.2066	2719	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3326-3.4401	0.2556	150	0.1984	2769	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4401-3.563	0.2175	133	0.1874	2754	X-RAY DIFFRACTION	97
3.563-3.7055	0.2378	133	0.1765	2780	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7055-3.874	0.2135	166	0.1686	2714	X-RAY DIFFRACTION	97
3.874-4.0781	0.1789	123	0.1635	2799	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0781-4.3332	0.214	152	0.1534	2733	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3332-4.6673	0.1814	154	0.1336	2779	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6673-5.136	0.1655	130	0.1405	2798	X-RAY DIFFRACTION	97
5.136-5.877	0.2152	159	0.1556	2757	X-RAY DIFFRACTION	96
5.877-7.3961	0.176	140	0.1471	2817	X-RAY DIFFRACTION	96
7.3961-38.8349	0.1328	141	0.1194	2831	X-RAY DIFFRACTION	94

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)