[日本語] English
万見
- PDB-5ztz: Proteobacterial origin of protein arginine methylation and regula... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ztz
タイトルProteobacterial origin of protein arginine methylation and regulation of Complex I assembly by MidA
要素Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 homolog, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / Mitochondria Complex I / Methyl Transferase / MidA/NDUFAF7 / SAM / SAH / NDUFS2
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex I biogenesis / pinocytosis / phototaxis / culmination involved in sorocarp development / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / glutamate metabolic process / thermotaxis / positive regulation of mitochondrial fission / glycogen metabolic process ...Complex I biogenesis / pinocytosis / phototaxis / culmination involved in sorocarp development / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / glutamate metabolic process / thermotaxis / positive regulation of mitochondrial fission / glycogen metabolic process / sporulation resulting in formation of a cellular spore / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / phagocytosis / ATP metabolic process / negative regulation of autophagy / methylation / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 / Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 superfamily / Putative S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 homolog, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Arold, S.T. / Swaminathan, K. / Hameed, U.F.S.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Proteobacterial Origin of Protein Arginine Methylation and Regulation of Complex I Assembly by MidA.
著者: Shahul Hameed, U.F.S. / Sanislav, O. / Lay, S.T. / Annesley, S.J. / Jobichen, C. / Fisher, P.R. / Swaminathan, K. / Arold, S.T.
履歴
登録2018年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 homolog, mitochondrial
B: Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 homolog, mitochondrial
C: Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 homolog, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,3383
ポリマ－142,3383
非ポリマー00
水34219
1
A: Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 homolog, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4461
ポリマ－47,4461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 homolog, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4461
ポリマ－47,4461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 homolog, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4461
ポリマ－47,4461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.011, 105.629, 201.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A83 - 483
2010B83 - 483
1020A83 - 483
2020C83 - 483
1030B83 - 483
2030C83 - 483

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Protein arginine methyltransferase NDUFAF7 homolog, mitochondrial / Mitochondrial dysfunction gene A / NADH dehydrogenase [ubiquinone] complex I / assembly factor 7 homolog


分子量: 47445.855 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: midA, DDB_G0282615 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
参照: UniProt: Q54S83, type II protein arginine methyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 8% ethylene glycol, 0.1M HEPES pH 7.5, 10% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9794, 0.9796, 0.9642
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月12日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97961
30.96421
反射解像度: 2.8→100.53 Å / Num. obs: 37830 / % possible obs: 96.81 % / 冗長度: 10.8 % / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 6.98
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 3505

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0216精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→100.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 30.679 / SU ML: 0.261 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.351 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23515 2000 5.3 %RANDOM
Rwork0.21462 ---
obs0.21572 35834 96.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.281 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.96 Å20 Å2-0 Å2
2--2.34 Å2-0 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→100.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9603 0 0 19 9622
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0199810
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1761.98113242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.814321783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.76351200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.38125.07426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.673151740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7911533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21473
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02110689
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021908
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5532.7594809
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5512.7584808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7254.1346006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7254.1356007
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7052.8565001
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7042.8575002
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6884.2167237
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.24750.30339935
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.24750.30239935
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A12851
12B12851
21A12856
22C12856
31B12765
32C12765
LS精密化 シェル解像度: 2.801→2.874 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 136 -
Rwork0.32 2428 -
obs--90.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1086-0.0644-0.09072.0608-0.40941.5306-0.0730.0976-0.09560.009-0.03990.09950.0102-0.11010.11290.2029-0.0030.01840.0728-0.04740.03838.328114.258233.859
22.72660.85190.19761.91950.49531.16140.1082-0.32-0.01310.2706-0.0435-0.12140.03710.0593-0.06470.14170.0192-0.00060.0505-0.00110.056722.36679.364210.492
31.3590.45120.52062.80490.45751.6259-0.07660.08420.1339-0.13560.09840.1762-0.2627-0.1407-0.02180.2221-0.0201-0.00910.12980.02750.025838.203147.239230.117
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A83 - 483
2X-RAY DIFFRACTION2B83 - 483
3X-RAY DIFFRACTION3C83 - 483

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る