[日本語] English
万見
- PDB-5ztp: Carbonic anhydrase from Glaciozyma antarctica -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ztp
タイトルCarbonic anhydrase from Glaciozyma antarctica
要素carbonic anhydrase
キーワードLYASE / Carbonic anhydrase / psychrophilic enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Glaciozyma antarctica (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Jaafar, N.R. / Bakar, A.F.D. / Murad, A.M.A. / Mahadi, N.M. / Jonet, M.A.
資金援助 マレーシア, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilMOSTI_Malaysia マレーシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Carbonic anhydrase from Glaciozyma antarctica
著者: Jaafar, N.R. / Bakar, A.F.D. / Murad, A.M.A. / Mahadi, N.M. / Jonet, M.A.
履歴
登録2018年5月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: carbonic anhydrase
B: carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8744
ポリマ－36,6822
非ポリマー1922
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area13030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.058, 82.058, 99.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 carbonic anhydrase


分子量: 18340.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glaciozyma antarctica (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A384E115*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20 mM tris hcl, 50 mM NaCl, 10% glycerol, 0.05 mM Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→40 Å / Num. obs: 8380 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.96→3.01 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LAS

3las


解像度: 2.96→37.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 14.78 / SU ML: 0.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.389
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2264 387 4.6 %RANDOM
Rwork0.1788 ---
obs0.181 8370 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.51 Å2 / Biso mean: 19.8014 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å2-0.15 Å2-0 Å2
2---0.15 Å2-0 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.96→37.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2574 0 10 14 2598
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192632
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7391.9673564
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99835840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9455336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.55823.509114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.17115438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.8551518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212968
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02582
LS精密化 シェル解像度: 2.965→3.041 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 32 -
Rwork0.241 586 -
all-618 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る