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万見
- PDB-5zrn: Inhibitor bound crystal structure of N-terminal domain of FACL13 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zrn
タイトルInhibitor bound crystal structure of N-terminal domain of FACL13 from Mycobacterium tuberculosis
要素Long-chain-fatty-acid--CoA ligase FadD13
キーワードLIGASE / Fatty acyl CoA Ligase / Inhibitor / FACL13 / Mycobacterium tuberculosis / lipid metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain-fatty-acid-CoA ligase / long-chain fatty acid-CoA ligase activity / medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / fatty acid biosynthetic process / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold ...ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-O-{[(1R)-1-hydroxydodecyl]sulfamoyl}adenosine / Long-chain-fatty-acid--CoA ligase FadD13
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis CDC1551 (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Goyal, A. / Sankaranarayanan, R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Inhibitor bound crystal structure of N-terminal domain of FACL13 from Mycobacterium tuberculosis
著者: Goyal, A. / Sankaranarayanan, R.
履歴
登録2018年4月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Long-chain-fatty-acid--CoA ligase FadD13
B: Long-chain-fatty-acid--CoA ligase FadD13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,2864
ポリマ－86,2242
非ポリマー1,0612
水10,124562
1
A: Long-chain-fatty-acid--CoA ligase FadD13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6432
ポリマ－43,1121
非ポリマー5311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Long-chain-fatty-acid--CoA ligase FadD13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6432
ポリマ－43,1121
非ポリマー5311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.647, 129.647, 185.965
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Long-chain-fatty-acid--CoA ligase FadD13 / Fatty acyl-CoA ligase / FACL13 / Fatty acyl-CoA synthetase / FACS / Very-long-chain fatty-acyl-CoA ...Fatty acyl-CoA ligase / FACL13 / Fatty acyl-CoA synthetase / FACS / Very-long-chain fatty-acyl-CoA synthetase / ACSVL


分子量: 43112.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis CDC1551 (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: fadD13, MT3174 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WQ36, long-chain-fatty-acid-CoA ligase
#2: 化合物 ChemComp-JSA / 5'-O-{[(1R)-1-hydroxydodecyl]sulfamoyl}adenosine


分子量: 530.638 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H38N6O7S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.71 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% Polyethylene glycol 3350, 0.1M Na-HEPES (pH 7.5), 0.1M Phenol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→25 Å / Num. obs: 32482 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Χ2: 0.65 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.37-2.456.90.67231880.608199.9
2.45-2.557.30.580.6211100
2.55-2.677.40.5210.6181100
2.67-2.817.50.3790.641100
2.81-2.997.50.2930.6281100
2.99-3.227.50.2010.6151100
3.22-3.547.50.1380.651100
3.54-4.057.50.080.6931100
4.05-5.097.50.0560.7041100
5.09-257.20.0470.7181100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3T5B

3t5b


解像度: 2.37→25 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2626 1612 5 %Random selection
Rwork0.1976 ---
obs-32436 100 %-
溶媒の処理Bsol: 41.6171 Å2
原子変位パラメータBiso max: 70.85 Å2 / Biso mean: 30.448 Å2 / Biso min: 7.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.597 Å20 Å20 Å2
2--2.597 Å20 Å2
3----5.194 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.37→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6052 0 72 562 6686
Biso mean--46.71 36.75 -
残基数----796
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3451.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0552
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9992.5
LS精密化 シェル解像度: 2.37→2.4 Å / Rfactor Rfree: 0.3217 / Rfactor Rwork: 0.2762
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2lsa.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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