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- PDB-5zrd: Tyrosinase from Burkholderia thailandensis (BtTYR) at low pH condition -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zrd
タイトルTyrosinase from Burkholderia thailandensis (BtTYR) at low pH condition
要素Tyrosinase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Tyrosinase
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosinase / tyrosinase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / COPPER (II) ION / OXYGEN ATOM / Tyrosinase (Monophenol monooxygenase)
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lee, S. / Son, H.-F. / Kim, K.-J.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for Highly Efficient Production of Catechol Derivatives at Acidic pH by Tyrosinase from Burkholderia thailandensis
著者: Son, H.F. / Lee, S.H. / Lee, S.H. / Kim, H. / Hong, H. / Lee, U.J. / Lee, P.G. / Kim, B.G. / Kim, K.J.
履歴
登録2018年4月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosinase
B: Tyrosinase
C: Tyrosinase
D: Tyrosinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,33034
ポリマ－242,7004
非ポリマー2,63030
水9,314517
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gel filtration SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14830 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area78510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.914, 142.914, 256.756
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Tyrosinase / Tyrosinase (Monophenol monooxygenase)


分子量: 60674.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (strain ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264) (バクテリア)
株: ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264 / 遺伝子: melO, BTH_II0649, DR63_5120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2T7K1, tyrosinase

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非ポリマー , 5種, 547分子

#2: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 化合物
ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド


分子量: 15.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 22% (v/v) reagent alcohol, 100 mM sodium citrate dibasic, pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→123.8 Å / Num. obs: 131667 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 8.1 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 39.95
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rsym value: 0.306

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZRE

5zre


解像度: 2.3→28.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 6.153 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.235 / ESU R Free: 0.194
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2211 6679 5.1 %RANDOM
Rwork0.1798 ---
obs0.1819 124964 97.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 185.5 Å2 / Biso mean: 47.944 Å2 / Biso min: 21.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å2-0.45 Å2-0 Å2
2---0.91 Å20 Å2
3---2.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→28.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16544 0 148 517 17209
Biso mean--60.08 42.71 -
残基数----2122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01517140
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01715013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5961.79223318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5391.74435333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.47452118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.67321.751771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.372152450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6431592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.22168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02119337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023155
LS精密化 シェル解像度: 2.302→2.362 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 468 -
Rwork0.264 9078 -
all-9546 -
obs--97.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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