[日本語] English
万見
- PDB-5zrc: Structural insights into the catalysis mechanism of M. smegmatis ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zrc
タイトルStructural insights into the catalysis mechanism of M. smegmatis antimutator protein MutT2
要素Putative mutator protein MutT2/NUDIX hydrolase
キーワードHYDROLASE / Nudix hydrolase / MutT / antimutator / CTP pyrophosphorylase
機能・相同性
機能・相同性情報


8-oxo-dGTP diphosphatase / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA replication / hydrolase activity / DNA repair / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / NUDIX hydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily ...: / NUDIX hydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-oxo-dGTP diphosphatase / 8-oxo-dGTP diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Singh, A. / Arif, S.M. / Sang, P.B. / Varshney, U. / Vijayan, M.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the specificity and catalytic mechanism of mycobacterial nucleotide pool sanitizing enzyme MutT2.
著者: Singh, A. / Mohammad Arif, S. / Biak Sang, P. / Varshney, U. / Vijayan, M.
履歴
登録2018年4月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative mutator protein MutT2/NUDIX hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1432
ポリマ－16,0811
非ポリマー621
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.840, 59.870, 31.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-456-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative mutator protein MutT2/NUDIX hydrolase / M. smegmatis MutT2


分子量: 16081.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: mutT2, MSMEI_5016 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: I7FJF7, UniProt: A0R2K6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.28 %
結晶化温度: 292 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 20%(v/v) Jeffamine M-600 pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.8266 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→16.46 Å / Num. obs: 49097 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.1→1.16 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 6891 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2rrk

2rrk


解像度: 1.1→16.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 0.931 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.031 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17247 2511 5.1 %RANDOM
Rwork0.14204 ---
obs0.14364 46545 95.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.154 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20 Å2-0 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.1→16.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数921 0 4 167 1092
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191016
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.02988
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6431.971394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.01832265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9535138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.75622.38142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.51915159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1711514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.0371.368531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.9841.361530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.5192.037673
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.5282.04674
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4621.727485
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3361.726485
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2362.456721
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined22.32515.2271210
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other22.31615.2361211
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr13.08432004
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free555
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded31.88552092
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 161 -
Rwork0.236 3338 -
obs--92.86 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る