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万見
- PDB-5zr4: Manganese-dependent transcriptional repressor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zr4
タイトルManganese-dependent transcriptional repressor
要素Metal-dependent transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / transcriptional repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / sequence-specific DNA binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FeoA domain / AsnC-type HTH domain / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / : / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain ...FeoA domain / AsnC-type HTH domain / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / : / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Helix-turn-helix diphteria tox regulatory element / Transcriptional repressor, C-terminal / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Manganese transport regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Cong, X.Y. / Gu, L.C. / Wang, J.B.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of manganese-dependent transcriptional repressor MntR (Rv2788) from Mycobacterium tuberculosis in apo and manganese bound forms.
著者: Cong, X.Y. / Yuan, Z.L. / Wang, Z. / Wei, B. / Xu, S.J. / Wang, J.B.
履歴
登録2018年4月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metal-dependent transcriptional regulator
B: Metal-dependent transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9642
ポリマ－49,9642
非ポリマー00
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.500, 109.040, 106.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Metal-dependent transcriptional regulator / Transcriptional repressor SIRR


分子量: 24982.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: sirR, sirR_2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045JFF4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 30% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.89 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.89 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→58.065 Å / Num. obs: 9651 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 12.39
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2719: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 3.1→58.065 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3002 960 9.95 %
Rwork0.2494 --
obs0.2548 9651 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→58.065 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2833 0 0 9 2842
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032885
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8463909
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9421747
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004511
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.26340.37211350.29711217X-RAY DIFFRACTION99
3.2634-3.46790.3421320.25741238X-RAY DIFFRACTION99
3.4679-3.73560.3591370.27171233X-RAY DIFFRACTION99
3.7356-4.11140.28441370.24011239X-RAY DIFFRACTION99
4.1114-4.70610.28281370.22121232X-RAY DIFFRACTION98
4.7061-5.92830.29481380.25241235X-RAY DIFFRACTION98
5.9283-58.0750.27161440.24991297X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.08 Å / Origin y: -14.8703 Å / Origin z: -13.639 Å
111213212223313233
T0.2917 Å20.0369 Å20.0472 Å2-0.8973 Å20.0267 Å2--0.2286 Å2
L2.4683 °2-0.5131 °21.3781 °2-0.7288 °2-0.3516 °2--1.6201 °2
S-0.1272 Å °-0.0852 Å °-0.0533 Å °0.0786 Å °0.0049 Å °-0.0013 Å °-0.1795 Å °0.049 Å °0.2267 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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