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- PDB-5zob: Crystal structure of Zika NS3 protease with 4-guanidinomethyl-phe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zob
タイトルCrystal structure of Zika NS3 protease with 4-guanidinomethyl-phenylacetyl-Arg-Arg-Arg-4-amidinobenzylamide
要素
  • 4-guanidinomethyl-phenylacetyl-Arg-Arg-Arg-4-amidinobenzylamide
  • NS3 protease
  • Serine protease subunit NS2B
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Viral protease / Serine protease / non-structural protein 3 / Zika protease / VIRAL PROTEIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host interferon-mediated signaling pathway / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity ...symbiont-mediated suppression of host interferon-mediated signaling pathway / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / protein-macromolecule adaptor activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / GTP binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Thrombin, subunit H - #120 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N2-{[4-(carbamimidamidomethyl)phenyl]acetyl}-L-arginyl-L-arginyl-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-L-argininamide / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Phoo, W.W. / Wirawan, M.
資金援助 シンガポール, ドイツ, 5件
組織認可番号国
start up grant シンガポール
CBRG15May045 シンガポール
NRF2016NRF-CRP001-063 シンガポール
Ministry of Education (Singapore)MOE2016-T2-2-097 シンガポール
DZIF-TTU 01.902 ドイツ
引用ジャーナル: Antiviral Res. / 年: 2018
タイトル: Structures of Zika virus NS2B-NS3 protease in complex with peptidomimetic inhibitors.
著者: Phoo, W.W. / Zhang, Z. / Wirawan, M. / Chew, E.J.C. / Chew, A.B.L. / Kouretova, J. / Steinmetzer, T. / Luo, D.
履歴
登録2018年4月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年3月18日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease subunit NS2B
B: NS3 protease
C: Serine protease subunit NS2B
D: NS3 protease
G: Serine protease subunit NS2B
H: NS3 protease
E: Serine protease subunit NS2B
F: NS3 protease
I: 4-guanidinomethyl-phenylacetyl-Arg-Arg-Arg-4-amidinobenzylamide
J: 4-guanidinomethyl-phenylacetyl-Arg-Arg-Arg-4-amidinobenzylamide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,20010
ポリマ－101,20010
非ポリマー00
水4,378243
1
A: Serine protease subunit NS2B
B: NS3 protease
G: Serine protease subunit NS2B
H: NS3 protease
I: 4-guanidinomethyl-phenylacetyl-Arg-Arg-Arg-4-amidinobenzylamide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6005
ポリマ－50,6005
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Serine protease subunit NS2B
F: NS3 protease

C: Serine protease subunit NS2B
D: NS3 protease
J: 4-guanidinomethyl-phenylacetyl-Arg-Arg-Arg-4-amidinobenzylamide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6005
ポリマ－50,6005
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y+1/2,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)60.417, 60.417, 214.873
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Serine protease subunit NS2B / NS2B cofactor


分子量: 5865.384 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: Mr 766 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q32ZE1, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase
#2: タンパク質
NS3 protease


分子量: 19037.592 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zika virus (strain Mr 766) (ジカ熱ウイルス)
株: Mr 766 / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72, UniProt: Q32ZE1*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド 4-guanidinomethyl-phenylacetyl-Arg-Arg-Arg-4-amidinobenzylamide


タイプ: Peptide-like / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 793.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
参照: N2-{[4-(carbamimidamidomethyl)phenyl]acetyl}-L-arginyl-L-arginyl-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-L-argininamide
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.48 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→42.97 Å / Num. obs: 87405 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.773 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4443 / CC1/2: 0.9 / Rpim(I) all: 0.376 / Rrim(I) all: 0.862 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GPI

5gpi


解像度: 2→42.721 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 45.72
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2791 852 1.58 %Random selection
Rwork0.2572 ---
obs0.2585 53909 99.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42.721 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5917 0 0 243 6160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026031
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6828180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5542236
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029898
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021065
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0006-2.12590.24251410.32058741X-RAY DIFFRACTION98
2.1259-2.290.31521410.34078670X-RAY DIFFRACTION97
2.29-2.52050.31171420.3098829X-RAY DIFFRACTION98
2.5205-2.88510.31851410.30348825X-RAY DIFFRACTION98
2.8851-3.63450.34761390.24858846X-RAY DIFFRACTION98
3.6345-39.70570.21461450.1989103X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8726-1.3281-0.6431.18270.5910.29480.0383-0.0794-0.38670.21890.0378-0.09770.07480.0443-0.0440.39560.0839-0.08920.24320.0030.22898.35242.233940.3094
20.0853-0.1018-0.18050.5141-0.02530.3398-0.0122-0.23550.15870.42640.1161-0.0636-0.08230.0855-0.0750.845-0.0048-0.04490.30910.01110.1263-0.082720.588655.1322
31.0938-0.0515-0.10921.91720.7171.2847-0.03680.22610.0312-0.078-0.0248-0.1195-0.08640.01710.02330.28130.01250.00490.28530.00570.20559.026731.681334.8717
41.65930.05310.12380.57170.1831.0628-0.12740.0412-0.27150.0578-0.10140.06120.35110.17750.13560.58190.0978-0.05690.24980.05250.09226.36465.172942.8727
50.73610.0878-0.17660.48990.2270.81840.09440.1909-0.10710.1514-0.0588-0.10120.0893-0.1878-0.00940.31530.0355-0.00360.2336-0.00450.1164-0.272812.932936.038
60.5254-0.188-0.17210.3960.29520.2505-0.031-0.11770.00440.48980.0184-0.2115-0.16320.14440.01270.63880.0114-0.09230.2044-0.04220.11714.458622.575848.95
71.3970.35280.12881.530.15770.77980.0944-0.0331-0.13140.35140.04860.1446-0.02870.3455-0.09180.52320.0395-0.07130.2696-0.0270.02711.947322.729345.3444
83.68480.3624-0.08553.1012-0.06780.13970.00090.0581-0.5235-0.0765-0.07830.22780.3473-0.22360.10440.5549-0.1774-0.05110.2898-0.03350.238921.78272.127667.6076
90.2925-0.13760.24212.16221.57781.56450.02290.04870.0703-0.17940.0314-0.2563-0.01450.1278-0.07110.5337-0.0245-0.07060.1545-0.0530.18931.9946.421856.7749
100.30170.0752-0.00660.24260.27080.3322-0.02130.095-0.0085-0.08860.00190.0477-0.03390.06420.01140.9970.02290.18760.4779-0.07830.247235.658816.844247.6501
110.5028-0.2634-0.37720.91520.39640.32860.17780.14730.0086-0.01980.12120.1908-0.0449-0.1366-0.23230.85260.1102-0.14880.39680.0180.195426.1730.058753.093
120.6472-0.0080.09491.9425-1.01130.66220.03160.0296-0.05590.005-0.04170.1406-0.20250.037-0.01320.41520.13980.05090.3116-0.01240.224622.036629.88874.3986
133.0735-2.64580.61357.1838-1.25722.466-0.01530.01280.1361-0.0679-0.07050.0988-0.128-0.08820.06910.3604-0.01110.02420.2960.08360.261719.686534.683169.3112
140.08630.3801-0.44021.6105-1.93952.4103-0.01370.1697-0.1631-0.3666-0.176-0.10190.17020.20340.12630.3927-0.0317-0.03020.2027-0.03780.098328.56313.909263.4923
150.41750.10850.36171.00180.50930.561-0.1892-0.1237-0.0861-0.1269-0.14090.04310.2304-0.41180.18370.6399-0.1297-0.03960.33440.00080.078619.6616.148265.4777
160.6117-0.1854-0.05671.00220.12760.74940.158-0.0658-0.0920.0565-0.2051-0.11560.2297-0.17930.03840.3541-0.0441-0.03220.25090.04190.131927.922810.221973.6198
170.4855-0.1005-0.07551.0201-1.36962.14510.01770.06440.1228-0.09920.02050.0299-0.15710.2772-0.01710.4741-0.12610.13580.3098-0.0463-0.278337.622620.448265.2338
180.33590.208-0.26690.1205-0.15980.215-0.01990.2609-0.216-0.4890.11610.1802-0.1077-0.0353-0.01380.6612-0.0161-0.05930.26580.02910.131326.235317.084853.0536
191.05020.0879-0.01441.3144-0.14280.4234-0.02630.02310.1428-0.31660.0159-0.147-0.3492-0.2826-0.00930.5705-0.012-0.08650.28470.06970.033927.05224.632662.5953
202.8194-0.7930.7113.5558-0.49681.7365-0.0382-0.0268-0.16880.15010.0042-0.05020.103-0.00820.0380.29960.12050.04210.5001-0.05950.0613.036.557714.0473
213.2547-1.31590.15460.77170.4241.0860.04140.1720.1805-0.0395-0.03950.067-0.15950.0055-0.02730.28410.14290.1690.597-0.0893-0.00218.586416.76173.038
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370.60650.0116-0.29511.85090.89570.9758-0.00250.2881-0.025-0.08890.0132-0.05510.16590.108-0.02340.16770.01490.00550.3699-0.04370.142236.55738.80513.8261
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390.53220.6729-0.07740.91160.11670.87240.12310.4101-0.15570.11050.0121-0.0186-0.3259-0.1457-0.1690.2060.0160.02480.2879-0.02210.161627.306248.697617.0445
400.0725-0.06690.14960.5389-0.31030.37560.09520.4368-0.214-0.26570.022-0.04130.1782-0.0803-0.16250.1263-0.0302-0.0160.6376-0.01950.218524.747542.2231.1741
414.0192-0.1473-3.81352.10640.41064.42660.1909-0.1223-0.01450.27620.0738-0.0447-0.135-0.0379-0.23190.24660.0270.0030.484-0.00270.197911.956145.65616.0404
420.79560.1424-0.31680.6872-0.08651.23810.05310.35920.0894-0.3570.1102-0.03690.3313-0.0633-0.09060.21740.0485-0.00330.6319-0.06870.057224.946642.56326.3042
430.7694-0.124-0.19260.2642-0.42410.86920.03360.1239-0.46590.0244-0.03320.36280.2636-0.2433-0.02710.3539-0.0071-0.00610.612-0.085-0.014518.945939.698610.4234
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 50 through 54 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 55 through 74 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 75 through 88 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 15 through 42 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 43 through 93 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 94 through 136 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 137 through 170 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 50 through 54 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 55 through 59 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 60 through 64 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 65 through 74 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 75 through 83 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 84 through 88 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 15 through 27 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 28 through 42 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 43 through 79 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 80 through 93 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 94 through 112 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 113 through 170 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 50 through 54 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 55 through 59 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and (resid 60 through 69 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 70 through 74 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 75 through 79 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 80 through 84 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 85 through 87 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 17 through 94 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 95 through 170 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 50 through 54 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 55 through 64 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 65 through 69 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 70 through 74 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 75 through 79 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 80 through 84 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 85 through 87 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 17 through 27 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 28 through 53 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 54 through 66 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 67 through 93 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 94 through 117 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 118 through 125 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 126 through 155 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'F' and (resid 156 through 170 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る