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- PDB-5zno: Crystal structure of PET-degrading cutinase Cut190 S176A/S226P/R2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zno
タイトルCrystal structure of PET-degrading cutinase Cut190 S176A/S226P/R228S/ mutant in Ca(2+)-bound state
要素Alpha/beta hydrolase family protein
キーワードHYDROLASE / POLYESTERASE / ALPHA/BETA-HYDROLASE FOLD / PROTEIN ENGINEERING / THERMOSTABILITY
機能・相同性
機能・相同性情報


cutinase / carboxylic ester hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Platelet-activating factor acetylhydrolase, isoform II / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomonospora viridis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.60264346898 Å
データ登録者Numoto, N. / Inaba, S. / Yamagami, Y. / Kamiya, N. / Bekker, G.J. / Ishii, K. / Uchiyama, S. / Kawai, F. / Ito, N. / Oda, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural Dynamics of the PET-Degrading Cutinase-like Enzyme from Saccharomonospora viridis AHK190 in Substrate-Bound States Elucidates the Ca2+-Driven Catalytic Cycle.
著者: Numoto, N. / Kamiya, N. / Bekker, G.J. / Yamagami, Y. / Inaba, S. / Ishii, K. / Uchiyama, S. / Kawai, F. / Ito, N. / Oda, M.
履歴
登録2018年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha/beta hydrolase family protein
B: Alpha/beta hydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,12814
ポリマ－58,3872
非ポリマー74112
水14,214789
1
A: Alpha/beta hydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5907
ポリマ－29,1941
非ポリマー3976
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha/beta hydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5387
ポリマ－29,1941
非ポリマー3456
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.705, 49.732, 95.655
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 99.589, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Alpha/beta hydrolase family protein / Cutinase


分子量: 29193.658 Da / 分子数: 2 / 変異: S176A, S226P, R228S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomonospora viridis (バクテリア)
株: AHK190 / 遺伝子: Cut190, SAMN02982918_2340 / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami B (DE3) / 参照: UniProt: W0TJ64, cutinase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 789 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% w/v PEG 8000, 8% v/v Ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月9日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 75063 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 15.4807795741 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rsym value: 0.136 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 3.2 % / Num. unique obs: 12065 / CC1/2: 0.518 / Rsym value: 0.95 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WFJ

4wfj


解像度: 1.60264346898→47.7178508489 Å / SU ML: 0.235868861104 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3474730099 / 位相誤差: 22.9434927349
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221789713647 3748 4.99420363239 %Random selection
Rwork0.179309456211 ---
obs0.181415484335 75047 99.2501388632 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.919072451 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.60264346898→47.7178508489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4050 0 37 789 4876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006816875495244199
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.061791220895710
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045203961528612
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00600048610744753
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.18011576281551
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6026-1.62290.3257331900131360.3186938122600X-RAY DIFFRACTION98.4172661871
1.6229-1.64430.3790138177091390.3177299282962637X-RAY DIFFRACTION99.6768402154
1.6443-1.66680.3305272813531400.3303347606462637X-RAY DIFFRACTION99.3915533286
1.6668-1.69060.3482289847371370.3212638364722601X-RAY DIFFRACTION99.5636363636
1.6906-1.71590.3571057168561390.2799533413822655X-RAY DIFFRACTION99.3245645219
1.7159-1.74270.3175323266251370.2715048730852623X-RAY DIFFRACTION99.7470184315
1.7427-1.77120.2849391689951390.2550986934872631X-RAY DIFFRACTION98.9992852037
1.7712-1.80180.2814921212531380.2381232341782605X-RAY DIFFRACTION99.420079739
1.8018-1.83460.2866249855741400.2252243711642642X-RAY DIFFRACTION99.1446899501
1.8346-1.86980.2722660221731380.2221377957812618X-RAY DIFFRACTION99.6384671005
1.8698-1.9080.2795259267531390.2091454331172648X-RAY DIFFRACTION99.8209169054
1.908-1.94950.2614498334011370.2147689758282613X-RAY DIFFRACTION99.2063492063
1.9495-1.99480.2685774149591400.2112421864022653X-RAY DIFFRACTION98.9723600283
1.9948-2.04470.2507940253561380.2007135480032594X-RAY DIFFRACTION99.5264116576
2.0447-2.10.2363113158571370.1883700862732645X-RAY DIFFRACTION99.4992846924
2.1-2.16180.2527883997271400.1855783202082660X-RAY DIFFRACTION99.4318181818
2.1618-2.23160.1992237740871380.1811896480242651X-RAY DIFFRACTION99.4295900178
2.2316-2.31140.2300765187781360.1748917869762622X-RAY DIFFRACTION99.0305206463
2.3114-2.40390.2274555613061390.1612776139712633X-RAY DIFFRACTION99.3548387097
2.4039-2.51330.1987110633841390.1648380119832640X-RAY DIFFRACTION99.3919885551
2.5133-2.64580.1842674249921400.1592629329262657X-RAY DIFFRACTION99.7503566334
2.6458-2.81150.2133213858981390.1598754236682663X-RAY DIFFRACTION99.4322214336
2.8115-3.02860.1869819185031410.1569206581732661X-RAY DIFFRACTION99.3617021277
3.0286-3.33330.1986530387351390.1534096095452656X-RAY DIFFRACTION98.9730878187
3.3333-3.81550.1720988462761380.1364199684082644X-RAY DIFFRACTION98.6175115207
3.8155-4.80640.1648882348071410.1259888688482673X-RAY DIFFRACTION98.426023085
4.8064-47.7390.1752790896351440.1485841753132737X-RAY DIFFRACTION98.3612154319

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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