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- PDB-5znh: Catechol 2,3-dioxygenase with 4-methyl catechol from Diaphorobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5znh
タイトルCatechol 2,3-dioxygenase with 4-methyl catechol from Diaphorobacter sp DS2
要素Catechol 2,3-dioxygenase, extradiol protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / complex with 4-methylcatechol
機能・相同性
機能・相同性情報


catechol 2,3-dioxygenase / catechol 2,3-dioxygenase activity / : / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
Catechol 2,3 dioxygenase / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase ...Catechol 2,3 dioxygenase / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 4-METHYLCATECHOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Metapyrocatechase
類似検索 - 構成要素
生物種Diaphorobacter sp. DS2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Mishra, K. / Arya, C.K. / Subramaniyan, R. / Ramanathan, G.
資金援助 インド, 5件
組織認可番号国
BT/IN/SWEDEN/41/SR/2013 インド
BT/PR5081/INF/156/2012 インド
BT/PR12422/MED/31/287/214 インド
BT/INF/22/SP22660/2017 インド
09/092(0869)/2013-EMR-I インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: catechol 2,3-dioxygenase with 4-methyl catechol from Diaphorobacter sp DS2
著者: Mishra, K. / Arya, C.K. / Subramaniyan, R. / Ramanathan, G.
履歴
登録2018年4月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol 2,3-dioxygenase, extradiol protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3086
ポリマ－34,9191
非ポリマー3885
水59433
1
A: Catechol 2,3-dioxygenase, extradiol protein
ヘテロ分子

A: Catechol 2,3-dioxygenase, extradiol protein
ヘテロ分子

A: Catechol 2,3-dioxygenase, extradiol protein
ヘテロ分子

A: Catechol 2,3-dioxygenase, extradiol protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,23124
ポリマ－139,6784
非ポリマー1,55320
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation11_656-x+y+1,y,-z+11
Buried area15550 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area41380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.894, 101.894, 114.369
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Catechol 2,3-dioxygenase, extradiol protein


分子量: 34919.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Diaphorobacter sp. DS2 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A4V8GZK8*PLUS, catechol 2,3-dioxygenase

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非ポリマー , 6種, 38分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-MCT / 4-METHYLCATECHOL / 4-METHYL-1,2-BENZENEDIOL / 4-メチルカテコ-ル


分子量: 124.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.88 % / 解説: Diamond shaped crystal
結晶化温度: 291.4 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% v/v PEG, 0.1M HEPES sodium salt pH 7.5, 0.2M Magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.0053 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月10日
放射モノクロメーター: liquid nitrogen cooled dual crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0053 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.99 Å / Num. obs: 14302 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 45.77 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 22.4 / Num. measured all: 145849 / Scaling rejects: 155
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.4-2.4910.60.6741548614670.8970.2150.7093.7100
8.98-47.9980.03727433430.9990.0120.03952.699.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.6.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HQ0

3hq0


解像度: 2.4→47.989 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2393 716 5.02 %
Rwork0.1988 13539 -
obs0.2009 14255 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.48 Å2 / Biso mean: 53.5438 Å2 / Biso min: 27.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→47.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2454 0 22 33 2509
Biso mean--55.96 47.38 -
残基数----314
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.4001-2.58540.33251340.242526372771
2.5854-2.84560.26381330.231826712804
2.8456-3.25730.28771490.223226572806
3.2573-4.10350.21261470.192726922839
4.1035-47.99860.22051530.179228823035
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.38810.23290.21751.9877-0.20631.53770.30190.70890.2743-0.3698-0.19090.0788-0.20730.101-0.110.35230.25170.09050.79030.11690.421732.837112.435937.2124
22.8432-0.02030.63831.618-0.5251.16870.3590.44760.2109-0.2031-0.17910.4659-0.3048-0.4515-0.14340.31140.25550.00120.75040.02960.507314.491411.878943.9086
31.93030.23220.28062.23930.2261.03860.35520.3590.2202-0.198-0.27240.1712-0.1427-0.1251-0.12610.29470.19460.0580.6383-0.01060.351728.704210.459646.4032
41.71010.06760.00251.1893-0.50921.52190.3064-0.10450.24490.101-0.24590.1491-0.2039-0.0127-0.09590.30820.03780.11660.5315-0.06080.463531.003814.815756.7653
52.13810.12120.42031.6256-0.60531.71220.3897-0.27980.64770.0655-0.6125-0.0831-0.18390.6179-0.09460.35780.06990.17280.68280.04850.583642.683216.101451.5949
61.9135-0.48630.64411.6396-0.56691.6290.5557-0.26560.58420.1597-0.6239-0.5266-0.51430.4179-0.04290.4111-0.11170.16170.642-0.07050.553536.329516.96263.4269
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 62 )A1 - 62
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 63 through 103 )A63 - 103
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 104 through 164 )A104 - 164
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 165 through 240 )A165 - 240
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 241 through 274 )A241 - 274
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 275 through 314 )A275 - 314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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