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Yorodumi- PDB-5zng: The crystal complex of immune receptor RGA5A_S of Pia from rice (... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5zng | ||||||
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Title | The crystal complex of immune receptor RGA5A_S of Pia from rice (Oryzae sativa) with rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR1-CO39 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / RGA5A_S / resistance protein / rice AVR1-CO39 / effector protein / Magnaporthe oryzae | ||||||
Function / homology | Function and homology information innate immune response-activating signaling pathway / plant-type hypersensitive response / ADP binding / defense response to bacterium / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Oryza sativa subsp. japonica (Japanese rice) Magnaporthe grisea (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.189 Å | ||||||
Authors | Guo, L.W. / Zhang, Y.K. / Liu, Q. / Ma, M.Q. / Liu, J.F. / Peng, Y.L. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2018 Title: Specific recognition of two MAX effectors by integrated HMA domains in plant immune receptors involves distinct binding surfaces Authors: Guo, L. / Cesari, S. / de Guillen, K. / Chalvon, V. / Mammri, L. / Ma, M. / Meusnier, I. / Bonnot, F. / Padilla, A. / Peng, Y.L. / Liu, J. / Kroj, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5zng.cif.gz | 74.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5zng.ent.gz | 53.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5zng.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5zng_validation.pdf.gz | 433.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5zng_full_validation.pdf.gz | 434.6 KB | Display | |
Data in XML | 5zng_validation.xml.gz | 7.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5zng_validation.cif.gz | 9.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/5zng ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/5zng | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5zneC 2myvS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14895.397 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: S domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: SF file contains Friedel pairs. Source: (gene. exp.) Oryza sativa subsp. japonica (Japanese rice) Gene: Os11gRGA5 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: F7J0N2 |
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#2: Protein | Mass: 9108.982 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: SF file contains Friedel pairs. / Source: (gene. exp.) Magnaporthe grisea (fungus) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8J180 |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1.1 M ammonium tartrate dibasic 0.1 M sodium acetate-HCl, pH 4.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / Detector: PIXEL / Date: Jun 17, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.108→39.47 Å / Num. obs: 215689 / % possible obs: 1 % / Redundancy: 13.1 % / Net I/σ(I): 10.11 |
Reflection shell | Resolution: 2.189→2.268 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2MYV Resolution: 2.189→28.405 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.57 / Phase error: 20.88
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.189→28.405 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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