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- PDB-5zng: The crystal complex of immune receptor RGA5A_S of Pia from rice (... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5zng | ||||||
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Title | The crystal complex of immune receptor RGA5A_S of Pia from rice (Oryzae sativa) with rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR1-CO39 | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / RGA5A_S / resistance protein / rice AVR1-CO39 / effector protein / Magnaporthe oryzae | ||||||
Function / homology | ![]() plant-type hypersensitive response / innate immune response-activating signaling pathway / ADP binding / : / defense response to bacterium / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guo, L.W. / Zhang, Y.K. / Liu, Q. / Ma, M.Q. / Liu, J.F. / Peng, Y.L. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Specific recognition of two MAX effectors by integrated HMA domains in plant immune receptors involves distinct binding surfaces Authors: Guo, L. / Cesari, S. / de Guillen, K. / Chalvon, V. / Mammri, L. / Ma, M. / Meusnier, I. / Bonnot, F. / Padilla, A. / Peng, Y.L. / Liu, J. / Kroj, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 74.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 53.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 433.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 434.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 7.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 9.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5zneC ![]() 2myvS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 14895.397 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: S domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: SF file contains Friedel pairs. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: Os11gRGA5 / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 9108.982 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: SF file contains Friedel pairs. / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1.1 M ammonium tartrate dibasic 0.1 M sodium acetate-HCl, pH 4.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / Detector: PIXEL / Date: Jun 17, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.108→39.47 Å / Num. obs: 215689 / % possible obs: 1 % / Redundancy: 13.1 % / Net I/σ(I): 10.11 |
Reflection shell | Resolution: 2.189→2.268 Å |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2MYV Resolution: 2.189→28.405 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.57 / Phase error: 20.88
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.189→28.405 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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