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万見
- PDB-5zn8: Crystal structure of nicotinamidase PncA from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zn8
タイトルCrystal structure of nicotinamidase PncA from Bacillus subtilis
要素Isochorismatase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Nicotinamidase / PncA / Bacillus subtilis
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Isochorismatase-like / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase family / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine hydrolase / Cysteine hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shang, F. / Chen, J. / Wang, L. / Xu, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31200556 中国
National Natural Science Foundation of China21272031 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the nicotinamidase/pyrazinamidase PncA from Bacillus subtilis.
著者: Shang, F. / Chen, J. / Wang, L. / Jin, L. / Zou, L. / Bu, T. / Dong, Y. / Ha, N.C. / Nam, K.H. / Quan, C. / Xu, Y.
履歴
登録2018年4月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isochorismatase
B: Isochorismatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1714
ポリマ－41,0402
非ポリマー1312
水7,188399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area15830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.037, 90.037, 86.181
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Isochorismatase / PncA


分子量: 20519.918 Da / 分子数: 2 / 変異: F5L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BMJ37_14840 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: A0A2D3DSA4, UniProt: A0A223CGG0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.94 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.39 M sodium citrate,0.1 M HEPES (pH 7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9826 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9826 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 31118 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 30.2 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 32.46
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.91 / Rsym value: 0.365 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX1.8.4_1496精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3O91

3o91


解像度: 2→28.91 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 22.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2227 1699 6.35 %
Rwork0.1537 --
obs0.1581 26757 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2863 0 2 399 3264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122927
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.323965
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8831049
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054433
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007523
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.0590.27051360.21312066X-RAY DIFFRACTION100
2.059-2.12540.29531380.20182071X-RAY DIFFRACTION100
2.1254-2.20130.27311430.20552098X-RAY DIFFRACTION100
2.2013-2.28940.2841380.20122051X-RAY DIFFRACTION100
2.2894-2.39360.26431410.19312094X-RAY DIFFRACTION100
2.3936-2.51970.25471450.18162081X-RAY DIFFRACTION100
2.5197-2.67750.22431460.17122081X-RAY DIFFRACTION100
2.6775-2.8840.24411470.17242096X-RAY DIFFRACTION100
2.884-3.17390.21981380.15392103X-RAY DIFFRACTION100
3.1739-3.63250.21311450.14032099X-RAY DIFFRACTION100
3.6325-4.57360.18931450.1162093X-RAY DIFFRACTION100
4.5736-28.91320.18851370.13132125X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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