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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zmp | ||||||
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タイトル | The structure of a lysine deacylase | ||||||
![]() | lysine deacylase | ||||||
![]() | HYDROLASE / lysine deacylase | ||||||
機能・相同性 | Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / hydrolase activity / Acetylpolyamine aminohydrolase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ge, F. | ||||||
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履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 78.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5g11S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34090.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SYNPCC7002_A2791 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
由来についての詳細 | Protein used in this structure is derived from Tax ID 374982 (Synechococcus sp. PCC 73109). ...Protein used in this structure is derived from Tax ID 374982 (Synechococcus sp. PCC 73109). Reference source is Tax ID 32049 (Synechococcus sp. PCC 7002). Sequences are 100 % matched. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.78 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.26 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.14 M Potassium phosphate dibasic |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→50.7 Å / Num. obs: 18344 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.214 / Rpim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.25 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.13 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1342 / Rpim(I) all: 0.681 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5G11 解像度: 2.19→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.19→50 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.19→2.25 Å /
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