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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zkt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TCP domain of PCF6 in Oryza sativa | ||||||
![]() | Putative transcription factor PCF6 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / TCP domain / OsPCF6 | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of secondary shoot formation / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sun, L.F. / Zou, X.M. / Wu, Y.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of TCP domain of PCF6 in Oryza sativa 著者: Sun, L.F. / Zou, X.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 22.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6218.169 Da / 分子数: 2 / 断片: TCP domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: B1364A02.22, OJ1048_C10.23 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.79 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate pH4.6, 30% (w/v) PEG1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.74→72.37 Å / Num. obs: 13997 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 14 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 27.7 / Num. measured all: 196470 / Scaling rejects: 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 65.93 Å2 / Biso mean: 32.5724 Å2 / Biso min: 17.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.74→37.415 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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