PDB-5zkh: Crystal Structure of N-terminal Domain of Plasmodium falciparum p43

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zkh

タイトル

Crystal Structure of N-terminal Domain of Plasmodium falciparum p43

要素

Aminoacyl tRNA synthetase complex-interacting multifunctional protein P43

キーワード

LIGASE (リガーゼ) / GST-like domain / AIMP1 /

Plasmodium (マラリア原虫)

機能・相同性

tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. /

Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily /

tRNA binding / Nucleic acid-binding, OB-fold / tRNA-binding domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.991 Å

データ登録者

Manickam, Y. / Sharma, A. / Khan, S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural analysis of aminoacyl-tRNA synthetase-interacting multifunctional proteins from plasmodium species
著者: Manickam, Y. / Sharma, A.

履歴

登録	2018年3月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zkh.cif.gz	139.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zkh.ent.gz	108.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zkh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/5zkh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/5zkh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5zkf-2 5bui-d 2r7i-3 5am6-1 4reg-d 6q90-2 6q90-1 6slg-d 5cs6-2 5orh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (3) #212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aminoacyl tRNA synthetase complex-interacting multifunctional protein P43

B: Aminoacyl tRNA synthetase complex-interacting multifunctional protein P43

42.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.710, 44.371, 77.472
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.940, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Aminoacyl tRNA synthetase complex-interacting multifunctional protein P43 分子量: 21396.859 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate Dd2) (マラリア病原虫) 遺伝子: PFDG_03875 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A0L7M8L6

#1: タンパク質

Aminoacyl tRNA synthetase complex-interacting multifunctional protein P43

分子量: 21396.859 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum (isolate Dd2) (マラリア病原虫)
遺伝子: PFDG_03875 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A0L7M8L6

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年2月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→50 Å / Num. obs: 7156 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 1.348 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 43159

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
3-3.05	5.3	0.552	337	1.455	1	98.8
3.05-3.11	5.5	0.51	362	1.363	1	99.7
3.11-3.17	5.7	0.464	352	1.351	1	99.4
3.17-3.23	5.8	0.426	348	1.334	1	99.4
3.23-3.3	6	0.381	367	1.268	1	100
3.3-3.38	6	0.286	335	1.312	1	99.4
3.38-3.46	6.1	0.231	377	1.324	1	99.7
3.46-3.56	6.3	0.186	326	1.267	1	100
3.56-3.66	6.2	0.16	365	1.244	1	100
3.66-3.78	6.3	0.144	362	1.302	1	100
3.78-3.91	6.2	0.113	358	1.337	1	100
3.91-4.07	6.3	0.093	352	1.365	1	100
4.07-4.26	6.2	0.08	355	1.337	1	100
4.26-4.48	6.3	0.063	360	1.393	1	100
4.48-4.76	6.2	0.061	352	1.348	1	100
4.76-5.13	6.2	0.054	358	1.357	1	100
5.13-5.64	6.2	0.063	374	1.398	1	100
5.64-6.46	6.1	0.061	361	1.281	1	100
6.46-8.13	6.1	0.044	364	1.319	1	100
8.13-50	5.7	0.031	391	1.617	1	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.991→36.464 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2542	335	4.69 %
R_work	0.2142	-	-
obs	0.2161	7144	99.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 152.46 Å² / B_iso mean: 72.5903 Å² / B_iso min: 32.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.991→36.464 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2499	0	0	0	2499
残基数	-	-	-	-	328

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -9.5789 Å / Origin y: 3.7971 Å / Origin z: 17.2137 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4723 Å²	-0.0116 Å²	0.0216 Å²	-	0.3832 Å²	-0.0362 Å²	-	-	0.3779 Å²
L	3.5341 °²	0.7848 °²	-0.6255 °²	-	2.4033 °²	-0.1102 °²	-	-	2.1418 °²
S	0.0025 Å °	0.007 Å °	-0.0754 Å °	0.0836 Å °	-0.0036 Å °	0.2449 Å °	-0.0512 Å °	-0.0276 Å °	0.0428 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	2 - 171
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	2 - 171

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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