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万見
- PDB-5zjt: Structure of AbdB/Exd complex bound to a 'Black14' DNA sequence -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zjt
タイトルStructure of AbdB/Exd complex bound to a 'Black14' DNA sequence
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*TP*GP*C)-3')
  • Homeobox protein abdominal-B
  • Homeobox protein extradenticle
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / AbdB / Exd / DNA / shape / specificity / Hox / Homeodomain / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


genital disc sexually dimorphic development / male pigmentation / negative regulation of cardioblast cell fate specification / sperm storage / negative regulation of salivary gland boundary specification / specification of segmental identity, abdomen / imaginal disc-derived female genitalia development / determination of genital disc primordium / external genitalia morphogenesis / salivary gland boundary specification ...genital disc sexually dimorphic development / male pigmentation / negative regulation of cardioblast cell fate specification / sperm storage / negative regulation of salivary gland boundary specification / specification of segmental identity, abdomen / imaginal disc-derived female genitalia development / determination of genital disc primordium / external genitalia morphogenesis / salivary gland boundary specification / gonadal mesoderm development / oenocyte development / female genitalia development / open tracheal system development / somatic muscle development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / polytene chromosome band / negative regulation of female receptivity / neuroendocrine cell differentiation / negative regulation of striated muscle tissue development / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / segment specification / eye development / regulation of cell fate specification / peripheral nervous system development / germ cell migration / male genitalia development / midgut development / neuron development / embryonic organ development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / animal organ morphogenesis / transcription coregulator activity / brain development / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein Hox-A10/abdominal-B-like / PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. ...Homeobox protein Hox-A10/abdominal-B-like / PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homeobox protein abdominal-B / Homeobox protein extradenticle
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zeiske, T. / Baburajendran, N. / Kaczynska, A. / Mann, R. / Honig, B. / Shapiro, L. / Palmer, A.G.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Intrinsic DNA Shape Accounts for Affinity Differences between Hox-Cofactor Binding Sites.
著者: Zeiske, T. / Baburajendran, N. / Kaczynska, A. / Brasch, J. / Palmer, A.G. / Shapiro, L. / Honig, B. / Mann, R.S.
履歴
登録2018年3月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年9月19日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeobox protein abdominal-B
B: Homeobox protein extradenticle
C: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*GP*AP*C)-3')
E: Homeobox protein abdominal-B
G: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*GP*AP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*TP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2837
ポリマ－46,2837
非ポリマー00
水1,44180
1
A: Homeobox protein abdominal-B
B: Homeobox protein extradenticle
C: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*GP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5284
ポリマ－27,5284
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area11640 Å2
手法PISA
2
E: Homeobox protein abdominal-B
G: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*GP*AP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*TP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7543
ポリマ－18,7543
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area8150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.440, 45.630, 66.860
Angle α, β, γ (deg.)99.050, 100.370, 114.180
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Homeobox protein abdominal-B / Infraabdominal 7 / IAB-7 / P3 / PH189


分子量: 10195.751 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Abd-B, CG10291 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09087
#2: タンパク質 Homeobox protein extradenticle / Dpbx


分子量: 8773.827 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: exd, CG8933 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40427
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*TP*GP*C)-3')


分子量: 4245.776 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*GP*AP*C)-3')


分子量: 4312.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M Sodium citrate pH 5.3, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→63.551 Å / Num. obs: 16923 / % possible obs: 93.06 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 27.35 Å2 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.4→63.551 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2759 1682 9.95 %
Rwork0.2324 --
obs0.2367 16909 92.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.79 Å2 / Biso mean: 36.7017 Å2 / Biso min: 5.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→63.551 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1633 1139 0 80 2852
Biso mean---27.22 -
残基数----249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4684188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001340
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.6641186
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.47060.35391320.29471258139092
2.4706-2.55040.34021400.27721277141793
2.5504-2.64150.33741480.28241238138693
2.6415-2.74730.30771330.26311262139593
2.7473-2.87230.28751480.26991298144694
2.8723-3.02380.34731340.26871288142294
3.0238-3.21320.29111350.22681259139493
3.2132-3.46130.24371440.19051258140292
3.4613-3.80960.24671460.20711287143393
3.8096-4.36070.24951390.20611267140694
4.3607-5.49360.24811350.21611257139292
5.4936-63.57320.26071480.23871278142694
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.90950.4603-0.33511.2338-0.20122.98-0.06450.3122-0.148-0.07970.0255-0.2161-0.0650.29270.03620.11430.0156-0.01040.10480.02560.220422.3594-15.1651-131.3541
21.725-0.2980.97672.87970.27793.45090.125-0.1264-0.04260.519-0.18130.6728-0.2443-0.75080.11010.3213-0.00570.05470.3755-0.01250.21836.1308-8.169-107.9387
30.45290.5781-0.08570.96940.48591.542-0.01330.150.2470.1781-0.29220.2082-0.2731-0.0832-0.31870.37360.1233-0.05170.19810.05250.376613.6768-7.8716-120.5942
42.00880.3488-0.63721.82390.64582.1351-0.005-0.12070.22640.3823-0.21-0.2475-0.269-0.13420.2010.31140.0305-0.0810.20650.02650.449315.4305-7.61-118.7888
53.80290.9-0.37534.35310.09223.3443-0.0112-0.08480.0130.2140.00350.4574-0.00310.0177-0.02840.1529-0.0383-0.01980.151-0.01010.2608-9.27734.7237-136.0819
63.98070.49070.44041.1785-0.28210.4494-0.27780.15770.031-0.17690.18320.17780.13560.3169-0.01370.1544-0.02820.00360.3853-0.04370.2787-4.34741.4591-148.8043
71.4361-0.4446-0.41732.5516-0.78622.0145-0.4630.6988-0.2106-0.14150.3245-0.27070.34640.26220.08190.23260.00020.02090.4403-0.06570.362-4.66430.738-151.2029
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA10 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB3 - 74
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC1 - 14
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD1 - 14
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE21 - 78
6X-RAY DIFFRACTION6chain GG-1 - 12
7X-RAY DIFFRACTION7chain HH3 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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