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- PDB-5zj3: Textilinin-1, A Kunitz-Type Serine Protease Inhibitor From pichia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zj3
タイトルTextilinin-1, A Kunitz-Type Serine Protease Inhibitor From pichia expression system
要素Kunitz-type serine protease inhibitor textilinin-1
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Textilinin-1 / A Kunitz-Type Serine Protease Inhibitor From
機能・相同性
機能・相同性情報


venom-mediated blood coagulation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / toxin activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily ...: / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Kunitz-type serine protease inhibitor textilinin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudonaja textilis textilis (コブラ)
手法X線回折 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Ou, X.J. / li, N.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Textilinin-1, A Kunitz-Type Serine Protease Inhibitor expressed from picha system by LIAONING GRAND NUOKANG BIOPHARMACEUTICAL CO.,LTD
著者: Ou, X.J. / Li, N.
履歴
登録2018年3月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kunitz-type serine protease inhibitor textilinin-1
B: Kunitz-type serine protease inhibitor textilinin-1
C: Kunitz-type serine protease inhibitor textilinin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0953
ポリマ－20,0953
非ポリマー00
水4,486249
1
A: Kunitz-type serine protease inhibitor textilinin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6981
ポリマ－6,6981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kunitz-type serine protease inhibitor textilinin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6981
ポリマ－6,6981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Kunitz-type serine protease inhibitor textilinin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6981
ポリマ－6,6981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.752, 98.752, 80.206
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-104-

HOH

21C-175-

HOH

31C-185-

HOH

41C-206-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Kunitz-type serine protease inhibitor textilinin-1 / Txln-1


分子量: 6698.442 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudonaja textilis textilis (コブラ)
発現宿主: Pichia (菌類) / 参照: UniProt: Q90WA1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.44 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Na HEPES, 2%(v/v) PEG 400, Mammonium sulfate, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RAYONIX SX-165mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月1日
放射モノクロメーター: double mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 16431 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / Num. unique obs: 808 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7_650精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.88→38.686 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2231 830 5.05 %
Rwork0.1879 --
obs0.1897 16424 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / Bsol: 40.24 Å2 / ksol: 0.397 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9329 Å2-0 Å20 Å2
2---0.9329 Å20 Å2
3---1.8659 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→38.686 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1352 0 0 249 1601
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071397
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1041876
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.962524
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081182
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006261
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8802-1.9980.29711460.22332506X-RAY DIFFRACTION99
1.998-2.15220.22761340.16332567X-RAY DIFFRACTION100
2.1522-2.36880.25621530.17062566X-RAY DIFFRACTION100
2.3688-2.71150.17861300.18732574X-RAY DIFFRACTION100
2.7115-3.41580.23231370.19242623X-RAY DIFFRACTION100
3.4158-38.69450.20281300.19172758X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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