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- PDB-5ziu: Crystal structure of human Entervirus D68 RdRp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ziu
タイトルCrystal structure of human Entervirus D68 RdRp
要素RdRp
キーワードRNA BINDING PROTEIN / EVD68-RdRp / Complex / Inhibitor / NADPH-Na4 / Structure-based design
機能・相同性
機能・相同性情報


picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / : / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein ...Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / : / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.147 Å
データ登録者Wang, M.L. / Zhang, Y. / Chen, Y.P. / Lu, D.R. / Jiang, H. / Chen, Y.J. / Li, L. / Zhang, C.H. / Shi, Q.L. / Su, D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human Entervirus D68 RdRp in complex with NADPH
著者: Wang, M.L. / Zhang, Y. / Dou, Y.S. / Chen, Y.P. / Lu, D.R. / Jiang, H. / Chen, Y.J. / Li, L. / Zhang, C.H. / Shi, Q.L. / Su, D.
履歴
登録2018年3月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RdRp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5087
ポリマ－51,9131
非ポリマー5956
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area20780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.835, 59.835, 358.923
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 RdRp


分子量: 51913.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I6TFG7
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.25 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris, PH 8.0, 3.5M NH4Cl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97775 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 37191 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 25.8 % / Net I/σ(I): 33.5
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 25.4 % / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique obs: 3002 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XE0

5xe0


解像度: 2.147→45.962 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2664 1831 4.94 %0.05
Rwork0.2115 ---
obs0.2142 37070 99.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.147→45.962 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3644 0 39 150 3833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083768
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.095099
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.471399
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005653
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1472-2.20530.30581350.23732644X-RAY DIFFRACTION99
2.2053-2.27010.30431420.22692606X-RAY DIFFRACTION100
2.2701-2.34340.26711380.22612653X-RAY DIFFRACTION100
2.3434-2.42720.3061320.22682650X-RAY DIFFRACTION99
2.4272-2.52430.31851510.24122644X-RAY DIFFRACTION100
2.5243-2.63920.31021160.25492698X-RAY DIFFRACTION100
2.6392-2.77830.33051340.25412667X-RAY DIFFRACTION100
2.7783-2.95240.32081470.26462681X-RAY DIFFRACTION100
2.9524-3.18030.30121470.26082719X-RAY DIFFRACTION100
3.1803-3.50020.30241540.22792720X-RAY DIFFRACTION100
3.5002-4.00650.2351340.19462769X-RAY DIFFRACTION100
4.0065-5.04670.21081420.15542801X-RAY DIFFRACTION100
5.0467-45.97250.21681590.18252987X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.33520.2014-0.22530.37750.29550.22390.01890.0454-0.08620.00270.1604-0.09560.11470.24690.05630.20610.0513-0.03610.4032-0.10040.2884-3.44459.3004-28.1678
20.18080.0730.05160.27790.12010.98730.0961-0.07710.1669-0.029-0.04270.0735-0.1928-0.0676-00.23390.00770.0160.2644-0.03880.3282-25.608126.6371-31.7569
30.5963-0.2551-0.13430.67670.40181.01140.0220.01610.0533-0.01560.0119-0.028-0.12720.0581-00.171-0.03170.02020.2486-0.02180.2222-19.20923.9488-31.0674
40.1680.1261-0.04970.44820.38350.3838-0.0407-0.0683-0.07770.1097-0.0255-0.01630.1526-0.057400.2143-0.02990.03540.3034-0.01190.2608-31.763314.9702-15.5098
50.45910.05250.39730.13670.20950.3271-0.0803-0.07030.1230.16710.1278-0.1482-0.06960.17260.00010.303-0.0327-0.0630.3616-0.06420.3294-6.205125.4257-3.587
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 55 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 56 through 118 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 119 through 288 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 289 through 376 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 377 through 457 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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