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- PDB-5zi9: Crystal structure of type-II LOG from Streptomyces coelicolor A3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zi9
タイトルCrystal structure of type-II LOG from Streptomyces coelicolor A3
要素Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase activity / : / cytokinin biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase LOG / LOG family / Possible lysine decarboxylase
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seo, H. / Kim, K.-J.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Structural and biochemical characterization of the type-II LOG protein from Streptomyces coelicolor A3.
著者: Seo, H. / Kim, K.J.
履歴
登録2018年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_volume ..._chem_comp.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22020年9月16日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
B: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
C: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
D: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,20922
ポリマ－114,2104
非ポリマー2,00018
水1,24369
1
A: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
B: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
ヘテロ分子

A: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
B: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
ヘテロ分子

A: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
B: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,31433
ポリマ－171,3156
非ポリマー2,99927
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
Buried area38300 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area44460 Å2
手法PISA
2
C: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
D: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
ヘテロ分子

C: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
D: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
ヘテロ分子

C: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
D: Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,31433
ポリマ－171,3156
非ポリマー2,99927
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
Buried area36960 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area44320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)206.768, 206.768, 206.768
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-617-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase


分子量: 28552.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO5140 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9FBL8, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: Polyethylene glycol 3350, citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月27日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→146.21 Å / Num. obs: 49440 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 17.67
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 2396 / CC1/2: 0.374 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOLREP位相決定
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WQ3

5wq3


解像度: 2.5→146.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 8.666 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.295 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2369 2394 4.8 %RANDOM
Rwork0.1847 ---
obs0.1872 47036 97.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.64 Å2 / Biso mean: 32.075 Å2 / Biso min: 16.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→146.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6900 0 134 69 7103
Biso mean--40.77 32.84 -
残基数----898
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0197222
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026804
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7621.9829786
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.078315688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.915902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.90923.354316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.83151128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.9541554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21068
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021552
LS精密化 シェル解像度: 2.505→2.57 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 188 -
Rwork0.327 3405 -
all-3593 -
obs--96.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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