PDB-5zhc: Crystal structure of the PadR-family transcriptional regulator Rv...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zhc

タイトル

Crystal structure of the PadR-family transcriptional regulator Rv3488 of Mycobacterium tuberculosis H37Rv

要素

Transcriptional regulator

キーワード

DNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / DNA binding / metal ion binding / ACETATE ION / Transcriptional regulator Rv3488

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Meera, K. / Pal, R.K. / Arora, A. / Biswal, B.K.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Structural and functional characterization of the transcriptional regulator Rv3488 ofMycobacterium tuberculosisH37Rv.
著者: Kumari, M. / Pal, R.K. / Mishra, A.K. / Tripathi, S. / Biswal, B.K. / Srivastava, K.K. / Arora, A.

履歴

登録	2018年3月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	5zhvC 5zi8C 4ejoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zhv-d 5zi8-d 4hqm-d 4k1o-d 3ncw-3 6py3-2 3hhh-d 3f72-1 2is9-d 3ncw-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator

B: Transcriptional regulator

ヘテロ分子

25.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.633, 49.099, 127.325
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: -5 - 96 / Label seq-ID: 1 - 102

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Transcriptional regulator 分子量: 12641.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv3488 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I6X7F9
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.05 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年3月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→63.66 Å / Num. obs: 14217 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.9 % / B_iso Wilson estimate: 31.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.079 / Χ²: 1.18 / Net I/σ(I): 34.06
反射シェル	解像度: 1.97→2.01 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / CC_1/2: 0.89 / R_pim(I) all: 0.25 / R_rim(I) all: 0.7 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4EJO

4ejo

解像度: 1.97→63.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 9.691 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.171 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23773	703	5 %	RANDOM
R_work	0.18509	-	-	-
obs	0.18766	13466	99.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.427 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.97→63.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1614	0	6	75	1695

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1581
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.579	1.958	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.001	3	3619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.201	5	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.57	21.429	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.79	15	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.122	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	375
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.922	1.743	825
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.917	1.736	823
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.478	2.595	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.478	2.598	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.237	1.99	852
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.236	1.994	853
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.076	2.914	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.673	20.933	1848
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.673	20.962	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6020 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.971→2.022 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	45	-
R_work	0.272	920	-
obs	-	-	94.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.2745	0.8771	4.5139	1.5099	-2.1906	5.8033	0.0171	-0.0946	-0.0419	-0.236	0.0375	0.0266	0.4208	-0.1284	-0.0546	0.1535	-0.0439	-0.0159	0.1455	-0.0549	0.1872	-17.2844	119.3748	127.9668
2	6.5701	1.0832	4.9265	8.2834	1.3155	11.0271	-0.0492	0.0466	-0.1857	-0.2839	-0.0648	-0.2317	0.5264	-0.1025	0.114	0.1301	-0.0096	0.0189	0.1542	-0.0043	0.1019	-11.1088	120.0514	134.4182
3	3.7298	0.7109	0.8003	0.887	0.4396	10.1181	-0.1275	0.0534	0.3405	-0.0066	0.0578	-0.0802	-0.0971	0.1617	0.0697	0.1028	0.0359	-0.0257	0.1217	-0.0195	0.1397	-6.3801	123.9742	148.5355
4	9.1215	-0.3224	7.0249	2.4843	-5.0926	14.9176	-0.2684	-0.3612	0.398	0.056	0.119	0.0718	-0.2612	-0.5664	0.1494	0.1166	-0.004	-0.0042	0.2177	-0.0884	0.2002	-15.1699	121.9559	150.5185
5	2.7071	0.5304	-5.5544	1.5724	-5.6967	26.2093	0.2062	0.1705	0.2004	-0.042	-0.1142	-0.0858	-0.1993	-0.1822	-0.092	0.0521	0.0719	-0.0399	0.3017	0.0112	0.2525	-17.9992	122.4844	142.6878
6	4.8094	1.872	-0.3215	1.9427	-1.2314	1.4655	0.0213	-0.0518	0.0329	-0.0376	-0.0503	0.0359	0.2948	-0.0491	0.029	0.19	0.0203	0.0132	0.1247	-0.0215	0.1212	-5.5828	113.1636	146.6724
7	3.9522	0.4445	-9.2844	6.6928	-2.6119	22.3582	-0.1666	-0.3816	0.0833	0.2371	0.2951	0.2353	0.5167	0.8652	-0.1285	0.2981	-0.0015	0.0431	0.2903	0.017	0.105	-1.7361	115.4483	159.8346
8	0.8573	0.3675	-2.2502	0.5773	0.6306	12.2197	-0.0083	0.0513	0.1168	0.0931	-0.0583	0.1629	0.5828	-0.3437	0.0666	0.1746	0.0216	-0.0291	0.1471	-0.0176	0.1664	-7.0004	116.3793	161.8707
9	2.9773	-2.3942	3.6502	3.672	-5.7813	13.1064	-0.1591	-0.1906	0.2811	-0.1294	-0.0888	-0.2336	0.0366	0.1603	0.2479	0.0778	0.002	-0.0249	0.1434	-0.0178	0.1693	3.1971	124.9271	144.1671
10	3.8048	-0.7928	3.3857	4.5874	-3.6039	11.0239	-0.0746	-0.0939	0.1615	0.048	-0.0669	0.006	-0.1858	0.1882	0.1415	0.0942	-0.0042	-0.0184	0.0944	-0.0072	0.193	-3.7296	131.4212	129.9006
11	9.6851	-3.0371	5.0869	1.0552	-0.5303	13.8011	-0.3218	-0.1249	0.1938	0.1952	0.0805	-0.0494	0.8024	0.1864	0.2413	0.2579	0.0559	-0.0185	0.0781	-0.0296	0.1489	-0.4416	118.6245	135.1668
12	1.6142	-0.0787	0.919	0.2685	0.8142	4.9975	-0.0948	-0.0192	0.0837	-0.0069	0.0974	-0.0364	0.0263	-0.0264	-0.0026	0.1212	-0.0339	-0.0011	0.102	-0.0014	0.1605	-8.543	123.8131	117.6379
13	7.7928	2.9163	7.5356	1.5018	0.8442	16.8741	-0.0657	0.1915	0.152	-0.0641	0.0961	0.0861	0.0533	0.2063	-0.0304	0.0945	-0.0299	0.0259	0.1579	-0.0162	0.2182	-0.7199	123.586	114.6285
14	10.5532	-7.6263	5.2139	7.1274	-0.3368	13.1376	0.4401	-0.0124	0.2111	-0.375	0.1174	-0.0325	-0.3054	0.7332	-0.5575	0.1404	-0.0622	0.096	0.1832	-0.0619	0.3166	1.8503	124.8383	121.0626
15	10.3004	0.9217	3.015	1.215	2.8204	6.629	0.0171	0.1626	0.0101	0.0076	0.1885	-0.0887	0.0349	0.4282	-0.2056	0.2207	-0.0155	0.0136	0.2139	-0.0041	0.2313	-3.1743	113.8171	116.9415
16	2.8649	-0.9798	-0.9292	4.8438	1.0823	1.094	-0.1159	0.0252	0.0177	0.1972	0.1946	-0.0423	0.2706	0.0357	-0.0787	0.1402	-0.0235	-0.0079	0.1134	-0.0124	0.142	-15.477	115.7582	115.5951
17	2.2696	1.0293	-2.698	0.5872	-2.3146	13.1287	0.0147	-0.1877	-0.0606	-0.0397	-0.0919	-0.0325	0.3716	0.1757	0.0772	0.1482	0.0392	0.0414	0.1751	0.0558	0.1464	-8.736	117.9082	98.2427
18	3.5127	-4.2112	-5.4902	6.491	6.3507	8.6362	0.0644	0.2256	0.1482	-0.2075	0.096	-0.2938	-0.0503	-0.3849	-0.1604	0.1109	0.0056	0.0092	0.2028	0.0156	0.1574	-12.0903	119.2117	107.2728
19	5.7639	2.0501	2.2219	4.285	5.9935	8.4721	0.0021	0.008	0.3886	-0.0521	-0.0789	0.0751	-0.0667	-0.1412	0.0768	0.0998	0.0077	-0.0125	0.1179	-0.0118	0.2065	-18.6745	127.6716	122.5358
20	12.1845	0.5747	6.0856	4.9409	2.2493	9.1803	-0.1757	-1.1786	0.9809	0.2612	0.0961	0.023	0.0516	-0.7164	0.0796	0.0928	0.0677	-0.01	0.2269	-0.1301	0.2563	-11.1279	132.028	135.9775

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-5 - 2
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	3 - 8
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	9 - 23
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	24 - 32
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	33 - 38
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	39 - 56
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	57 - 61
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	62 - 72
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	73 - 84
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	85 - 96
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	-5 - 4
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	5 - 25
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	26 - 32
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	33 - 37
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	38 - 46
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	47 - 58
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	59 - 66
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	67 - 74
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	75 - 86
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	87 - 96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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