PDB-5zes: UDP Glucose alpha tetrahydrobiopterin glycosyltransferase from Sy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zes

タイトル

UDP Glucose alpha tetrahydrobiopterin glycosyltransferase from Synechococcus species PCC 7942 - UDP complex

要素

UDP-glucose:tetrahydrobiopterin glucosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Tetrahydrobiopterin / Pteridine glycosyltransferase / Pteridine glycosides

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosyltransferase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Killivalavan, A. / Lee, K.H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: UDP Glucose alpha tetrahydrobiopterin glycosyltransferase from Synechococcus species PCC 7942 - UDP complex
著者: Killivalavan, A. / Lee, K.H.

履歴

登録	2018年2月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zes.cif.gz	151.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zes.ent.gz	117.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zes.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zes_validation.pdf.gz	775.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zes_full_validation.pdf.gz	790.4 KB	表示
XML形式データ	5zes_validation.xml.gz	28.8 KB	表示
CIF形式データ	5zes_validation.cif.gz	40.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/5zes ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/5zes	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7b27-d 3zjg-d 3zje-d 3zjf-d 5zer-d 5ers-d 5t35-1 6x84-d 6fgc-d 2rf1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-glucose:tetrahydrobiopterin glucosyltransferase

B: UDP-glucose:tetrahydrobiopterin glucosyltransferase

ヘテロ分子

77.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	171.810, 78.698, 53.605
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.87, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	UDP-glucose:tetrahydrobiopterin glucosyltransferase 分子量: 38249.797 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-354 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア) 株: PCC 7942 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93EY3, UniProt: Q31LX1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.07 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bis-tris, PEG3350, Galactose

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.979,0.979,0.987

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月20日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.987	1

反射

解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 46172 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 10

反射シェル

解像度: 2.03→2.07 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.03→29.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 5.418 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.174 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23536	2295	5 %	RANDOM
R_work	0.18281	-	-	-
obs	0.1854	43674	99.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.088 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	-0 Å²	-0.14 Å²
2-	-	0.1 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.03→29.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5361	0	37	178	5576

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	5534
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	5092
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.925	1.976	7559
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.131	3	11788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.053	5	702
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.534	23.84	237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.371	15	799
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.775	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	837
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	6240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.704	3.815	2817
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.697	3.813	2816
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.696	5.699	3516
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.698	5.701	3517
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.391	4.354	2717
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.388	4.354	2717
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.704	6.33	4044
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.694	46.415	6064
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.693	46.424	6065
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.03→2.082 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	169	-
R_work	0.3	3108	-
obs	-	-	95.85 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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