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- PDB-5zdb: Crystal structure of poly(ADP-ribose) glycohydrolase (PARG) from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zdb
タイトルCrystal structure of poly(ADP-ribose) glycohydrolase (PARG) from Deinococcus radiodurans in complex with ADP-ribose (P21)
要素Poly ADP-ribose glycohydrolase
キーワードHYDROLASE / ADP-ribose / poly(ADP-ribose) glycohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


Conserved hypothetical protein CHP02452 / Microbial-type PARG, catalytic domain / Microbial-type PARG, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AR6 / Microbial-type PARG catalytic domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.972 Å
データ登録者Cho, C.C. / Hsu, C.H.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
National Science Council (Taiwan)105-2113-M-002-009 台湾
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural and biochemical evidence supporting poly ADP-ribosylation in the bacterium Deinococcus radiodurans.
著者: Cho, C.C. / Chien, C.Y. / Chiu, Y.C. / Lin, M.H. / Hsu, C.H.
履歴
登録2018年2月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly ADP-ribose glycohydrolase
B: Poly ADP-ribose glycohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3194
ポリマ－55,2002
非ポリマー1,1192
水4,792266
1
A: Poly ADP-ribose glycohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1592
ポリマ－27,6001
非ポリマー5591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Poly ADP-ribose glycohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1592
ポリマ－27,6001
非ポリマー5591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.290, 97.427, 59.369
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Poly ADP-ribose glycohydrolase


分子量: 27600.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: DR_B0099 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RZM4
#2: 化合物 ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose


分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.87 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 6.0, 10% 2-Propanol, 10% Polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.972→25.959 Å / Num. obs: 33944 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 14.353
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 2.019 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZDA

5zda


解像度: 1.972→25.959 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1967 2005 6.18 %
Rwork0.1551 --
obs0.1577 32431 93.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.972→25.959 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3873 0 72 266 4211
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084041
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9225509
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.7592399
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055603
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006733
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9723-2.02160.3098990.21031522X-RAY DIFFRACTION67
2.0216-2.07630.23861110.18331752X-RAY DIFFRACTION75
2.0763-2.13730.26191310.19311966X-RAY DIFFRACTION85
2.1373-2.20630.22331410.18452123X-RAY DIFFRACTION92
2.2063-2.28510.22611470.17332282X-RAY DIFFRACTION98
2.2851-2.37650.2281530.16842287X-RAY DIFFRACTION99
2.3765-2.48460.25221520.17192268X-RAY DIFFRACTION99
2.4846-2.61550.22161550.15832313X-RAY DIFFRACTION100
2.6155-2.77920.18271480.15492292X-RAY DIFFRACTION99
2.7792-2.99350.2231560.1532304X-RAY DIFFRACTION99
2.9935-3.29420.19071570.15162321X-RAY DIFFRACTION100
3.2942-3.76960.17131550.13812317X-RAY DIFFRACTION100
3.7696-4.74460.15091450.13252322X-RAY DIFFRACTION99
4.7446-25.96140.18131550.15652357X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5216-0.22240.36421.9346-0.18652.1811-0.0477-0.10310.00580.24640.0798-0.0371-0.00190.0209-0.03010.13610.01770.01330.1171-0.0080.138-3.1736-15.57185.6304
21.5537-0.3798-0.15281.5650.23911.3792-0.0319-0.0372-0.02080.20830.0468-0.04450.14820.0141-0.0030.13180.0048-0.01170.09710.01360.12780.3853-22.27444.0381
32.27-0.21810.01131.33190.28291.24930.00590.46840.3287-0.31560.0493-0.1359-0.14320.11880.01890.18870.00140.02350.22730.03180.20011.7756-11.7046-9.8132
41.82520.3631-0.49452.475-0.13942.7324-0.09790.0248-0.0507-0.2144-0.0095-0.11950.12970.07280.08340.15960.00510.01330.18140.02610.159518.6756-34.170538.1108
51.32540.0772-0.14892.2671-1.26232.2345-0.09720.3479-0.1537-0.49230.0016-0.14050.2385-0.07560.0770.2372-0.01070.02840.2319-0.01970.150316.1427-34.037928.3745
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 29:117 )A29 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 118:231 )A118 - 231
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 232:281 )A232 - 281
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 29:139 )B29 - 139
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 140:279 )B140 - 279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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