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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zb4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of thymidylate kinase in complex with ADP and TMP from thermus thermophilus HB8 | ||||||
![]() | Thymidylate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / NMP kinase | ||||||
機能・相同性 | ![]() dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chaudhary, S.K. / Jeyakanthan, J. / Sekar, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Insights into product release dynamics through structural analyses of thymidylate kinase. 著者: Chaudhary, S.K. / Iyyappan, Y. / Elayappan, M. / Jeyakanthan, J. / Sekar, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 22009.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: tmk, TTHA1607 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5SHX3, dTMP kinase |
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-非ポリマー , 5種, 184分子 ![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/TMP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/TMP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.44 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 0.2M CaCl2.2H2O, 20% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年7月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5417 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→19.74 Å / Num. obs: 26814 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 15.75 |
反射 シェル | 解像度: 1.92→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.168 / CC1/2: 0.983 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5X7J 解像度: 1.92→19.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 3.704 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.16 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.586 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.92→19.74 Å
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拘束条件 |
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