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- PDB-5z99: Crystal structure of Sialic acid Binding protein from Haemophilus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z99
タイトルCrystal structure of Sialic acid Binding protein from Haemophilus ducreyi with Neu5Ac
要素Putative ABC transporter periplasmic binding protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / three domain proteins / sialic acid Neu5Gc / bacteria / molecular mimicry / adhesion / cell signaling / nutrition
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-beta-neuraminic acid / ABC transporter periplasmic binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus ducreyi 35000HP (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.494 Å
データ登録者Subramanian, R. / Setty, T.G.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
SR/SO/BB-19/2010 インド
BT/IN/Sweden/41/SR/2013 インド
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Molecular characterization of the interaction of sialic acid with the periplasmic binding protein fromHaemophilus ducreyi.
著者: Gangi Setty, T. / Mowers, J.C. / Hobbs, A.G. / Maiya, S.P. / Syed, S. / Munson Jr., R.S. / Apicella, M.A. / Subramanian, R.
履歴
登録2018年2月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ABC transporter periplasmic binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3792
ポリマ－54,0691
非ポリマー3091
水10,124562
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area680 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area18310 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)73.368, 89.630, 90.787
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative ABC transporter periplasmic binding protein


分子量: 54069.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus ducreyi 35000HP (バクテリア)
株: 35000HP / ATCC 700724 / 遺伝子: HD_1669 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7VL18
#2: 糖 ChemComp-SLB / N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / O-sialic acid / 5-N-ACETYL-BETA-D-NEURAMINIC ACID / BETA-SIALIC ACID / N-アセチル-β-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 20mM MES, 60mM NaCl, 30% PEG 1500, pH 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→19.52 Å / Num. obs: 93977 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 13.55 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 19 / Num. measured all: 604746 / Scaling rejects: 554
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.49-1.525.50.5382320742370.8070.2370.5914.988.6
8.18-19.526.30.0238876170.9990.0080.02193.492

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
d*TREKデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YYB

5yyb


解像度: 1.494→19.518 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1944 4864 5.18 %
Rwork0.1688 89067 -
obs0.1701 93931 96.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 67.3 Å2 / Biso mean: 18.1749 Å2 / Biso min: 6.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.494→19.518 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3824 0 39 562 4425
Biso mean--10.94 29.01 -
残基数----485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054116
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7965639
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08631
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005730
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9281504
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4936-1.51050.29241210.30272571269284
1.5105-1.52830.29331660.24932951311797
1.5283-1.54690.24891710.23512979315098
1.5469-1.56650.25741710.22752968313997
1.5665-1.58710.26671510.2092947309898
1.5871-1.60880.23051710.20072979315098
1.6088-1.63180.22791730.19962984315797
1.6318-1.65620.22811870.19092952313998
1.6562-1.6820.20721450.18582969311497
1.682-1.70960.2421760.19262979315597
1.7096-1.7390.2131810.17632950313198
1.739-1.77060.19731440.16812977312197
1.7706-1.80470.1911810.16372951313297
1.8047-1.84150.20131590.16452956311596
1.8415-1.88150.22491520.16822975312797
1.8815-1.92520.21881310.16582982311397
1.9252-1.97330.19181940.16462910310496
1.9733-2.02660.18591610.17692935309696
2.0266-2.08620.19411310.16362934306595
2.0862-2.15350.18891520.16152925307795
2.1535-2.23030.19351520.16032879303193
2.2303-2.31950.18591520.16272918307095
2.3195-2.42490.17671670.16212938310595
2.4249-2.55240.19891730.17452919309295
2.5524-2.7120.20841480.17263021316996
2.712-2.92070.19291750.17652983315897
2.9207-3.21350.18731840.17053027321197
3.2135-3.67580.18461350.16423151328699
3.6758-4.6210.15921760.135131703346100
4.621-19.52010.16551840.146732873471100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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