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- PDB-5z8x: Crystal structure of human LRRTM2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z8x
タイトルCrystal structure of human LRRTM2
要素Leucine-rich repeat transmembrane neuronal protein 2
キーワードCELL ADHESION / Synapse / leucine-rich repeat / synaptic organizer
機能・相同性
機能・相同性情報


neurexin family protein binding / regulation of postsynaptic density assembly / negative regulation of receptor internalization / positive regulation of synapse assembly / Neurexins and neuroligins / postsynaptic specialization membrane / excitatory synapse / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / synapse organization / postsynaptic density membrane ...neurexin family protein binding / regulation of postsynaptic density assembly / negative regulation of receptor internalization / positive regulation of synapse assembly / Neurexins and neuroligins / postsynaptic specialization membrane / excitatory synapse / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / synapse organization / postsynaptic density membrane / GABA-ergic synapse / Schaffer collateral - CA1 synapse / long-term synaptic potentiation / glutamatergic synapse / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-rich repeat transmembrane neuronal protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Yamagata, A. / Fukai, S.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
JSPS/MEXTJP16H04749 日本
JSTJPMJCR12M5 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural insights into modulation and selectivity of transsynaptic neurexin-LRRTM interaction.
著者: Yamagata, A. / Goto-Ito, S. / Sato, Y. / Shiroshima, T. / Maeda, A. / Watanabe, M. / Saitoh, T. / Maenaka, K. / Terada, T. / Yoshida, T. / Uemura, T. / Fukai, S.
履歴
登録2018年2月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / struct / Item: _entity.formula_weight / _struct.title
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine-rich repeat transmembrane neuronal protein 2
B: Leucine-rich repeat transmembrane neuronal protein 2
C: Leucine-rich repeat transmembrane neuronal protein 2
D: Leucine-rich repeat transmembrane neuronal protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,21212
ポリマ－159,4434
非ポリマー1,7708
水00
1
A: Leucine-rich repeat transmembrane neuronal protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3033
ポリマ－39,8611
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Leucine-rich repeat transmembrane neuronal protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3033
ポリマ－39,8611
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Leucine-rich repeat transmembrane neuronal protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3033
ポリマ－39,8611
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Leucine-rich repeat transmembrane neuronal protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3033
ポリマ－39,8611
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.691, 240.959, 259.434
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
Leucine-rich repeat transmembrane neuronal protein 2 / Leucine-rich repeat neuronal 2 protein


分子量: 39860.633 Da / 分子数: 4 / 変異: T59L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRRTM2, KIAA0416, LRRN2 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43300
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 18% PEG 3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. obs: 48031 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 3.15→3.2 Å / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.548 / Rsym value: 0.291 / % possible all: 88.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A5C

5a5c


解像度: 3.15→49.429 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 20.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2309 2397 5.02 %
Rwork0.2028 --
obs0.2042 47760 96.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→49.429 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10644 0 112 0 10756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01111028
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14714928
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8363984
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591708
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051872
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.21430.3351230.30062443X-RAY DIFFRACTION89
3.2143-3.28420.28041170.28682475X-RAY DIFFRACTION91
3.2842-3.36060.2971400.28272534X-RAY DIFFRACTION92
3.3606-3.44460.3041470.26732578X-RAY DIFFRACTION94
3.4446-3.53770.28141490.25652560X-RAY DIFFRACTION95
3.5377-3.64170.24791430.22662623X-RAY DIFFRACTION95
3.6417-3.75930.24941370.21272667X-RAY DIFFRACTION97
3.7593-3.89360.22471470.19852637X-RAY DIFFRACTION97
3.8936-4.04940.2111350.17972696X-RAY DIFFRACTION98
4.0494-4.23360.22551470.18892706X-RAY DIFFRACTION98
4.2336-4.45670.21241140.18342760X-RAY DIFFRACTION98
4.4567-4.73570.21661440.1692717X-RAY DIFFRACTION98
4.7357-5.1010.17971530.16282719X-RAY DIFFRACTION99
5.101-5.61370.21251490.17762773X-RAY DIFFRACTION99
5.6137-6.42450.24031500.19962763X-RAY DIFFRACTION99
6.4245-8.08840.21261480.20122786X-RAY DIFFRACTION99
8.0884-49.43540.19971540.17662926X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.5937 Å / Origin y: 86.9882 Å / Origin z: -1.9881 Å
111213212223313233
T0.4332 Å20.0047 Å2-0.0143 Å2-0.3852 Å20.0106 Å2--0.4235 Å2
L0.3662 °2-0.0197 °2-0.0955 °2-0.1348 °2-0.0052 °2--0.1231 °2
S0.0113 Å °0.0384 Å °0.0822 Å °-0.046 Å °-0.0085 Å °0.0575 Å °0.0251 Å °-0.0824 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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