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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5z8u | ||||||
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タイトル | Human mitochondrial ferritin mutant - C102A/C130A | ||||||
![]() | Ferritin, mitochondrial | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Mitochondrail ferritin / cysteine / METAL BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of lyase activity / positive regulation of succinate dehydrogenase activity / positive regulation of aconitate hydratase activity / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / iron ion transport ...positive regulation of lyase activity / positive regulation of succinate dehydrogenase activity / positive regulation of aconitate hydratase activity / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial matrix / iron ion binding / positive regulation of cell population proliferation / mitochondrion / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zang, J. / Zheng, B. / Zhao, G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Design and site-directed compartmentalization of gold nanoclusters within the intrasubunit interfaces of ferritin nanocage. 著者: Zang, J. / Zheng, B. / Zhang, X. / Arosio, P. / Zhao, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 12|||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20912.240 Da / 分子数: 2 / 変異: C102A/C130A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: Bicine, MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→29.85 Å / Num. obs: 37420 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / Net I/σ(I): 6.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.968 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→29.85 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.48
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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