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- PDB-5z7r: Crystal structure of crotonase from Clostridium acetobutylicum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z7r
タイトルCrystal structure of crotonase from Clostridium acetobutylicum
要素Short-chain-enoyl-CoA hydratase
キーワードLYASE / short-chain enoyl-CoA hydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


short-chain-enoyl-CoA hydratase / butyrate metabolic process / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Short-chain-enoyl-CoA hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium acetobutylicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kim, E.-J. / Kim, Y.-J. / Kim, K.-J.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2014
タイトル: Structural insights into substrate specificity of crotonase from the n-butanol producing bacterium Clostridium acetobutylicum.
著者: Kim, E.J. / Kim, Y.J. / Kim, K.J.
履歴
登録2018年1月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short-chain-enoyl-CoA hydratase
B: Short-chain-enoyl-CoA hydratase
C: Short-chain-enoyl-CoA hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,1513
ポリマ－87,1513
非ポリマー00
水2,504139
1
A: Short-chain-enoyl-CoA hydratase
B: Short-chain-enoyl-CoA hydratase
C: Short-chain-enoyl-CoA hydratase

A: Short-chain-enoyl-CoA hydratase
B: Short-chain-enoyl-CoA hydratase
C: Short-chain-enoyl-CoA hydratase


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Hexameric structure of CaCRT could be easily generated by applying P3212 crystallographic symmetric operation and size exclusion chromatography confirmed the hexameric nature of CaCRT.
  • 174 kDa, 6 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,3036
ポリマ－174,3036
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_454-x+y-1,y,-z-1/31
Buried area30950 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area50450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.673, 78.673, 210.703
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-303-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Short-chain-enoyl-CoA hydratase / 3-hydroxybutyryl-CoA dehydratase / Crotonase


分子量: 29050.465 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum (strain ATCC 824 / DSM 792 / JCM 1419 / LMG 5710 / VKM B-1787) (バクテリア)
株: ATCC 824 / DSM 792 / JCM 1419 / LMG 5710 / VKM B-1787 / 遺伝子: crt, CA_C2712 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P52046, short-chain-enoyl-CoA hydratase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 400, 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5, 0.2M Lithium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97956 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月11日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97956 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 37287 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 0.939 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.242.80.26916840.598189.3
2.24-2.283.20.26317360.552192.2
2.28-2.323.30.27518150.551194.9
2.32-2.373.50.24818550.569196.5
2.37-2.423.90.23318080.52196.7
2.42-2.483.80.21918420.616196.2
2.48-2.543.90.21118500.559196.9
2.54-2.6140.18118540.673197.5
2.61-2.694.20.1718200.747197
2.69-2.774.30.14918750.64197.7
2.77-2.874.40.1318531.014197.7
2.87-2.994.50.1118960.661198.2
2.99-3.124.80.09718801.148198.4
3.12-3.295.10.08118960.891198.4
3.29-3.495.40.06518850.969199.3
3.49-3.765.40.05519431.366199.4
3.76-4.145.70.04419151.209199.3
4.14-4.745.70.0419141.248199.2
4.74-5.975.70.04119541.042199
5.97-505.60.03520121.634198.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MJ3

1mj3


解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 8.246 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.237
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2575 1866 5 %RANDOM
Rwork0.1888 ---
obs0.1921 35417 97.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.27 Å2 / Biso mean: 35.211 Å2 / Biso min: 14.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20.43 Å2-0 Å2
2--0.86 Å20 Å2
3----2.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5727 0 0 139 5866
Biso mean---32.96 -
残基数----762
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195778
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5691.987758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.852313389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3735759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.22525.75240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.73151110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1631533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2909
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026573
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021188
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 120 -
Rwork0.267 2377 -
all-2497 -
obs--89.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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