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万見
- PDB-5z0x: X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Tyr Variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z0x
タイトルX-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Tyr Variant
要素Pseudoazurin
キーワードELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Pseudoazurin
類似検索 - 構成要素
生物種Achromobacter cycloclastes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Saito, Y. / Yamaguchi, T. / Kohzuma, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science22550145 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Tyr Variant
著者: Yamaguchi, T. / Saito, Y. / Kohzuma, T.
履歴
登録2017年12月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pseudoazurin
B: Pseudoazurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4416
ポリマ－26,1302
非ポリマー3114
水5,945330
1
A: Pseudoazurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2213
ポリマ－13,0651
非ポリマー1562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area6030 Å2
手法PISA
2
B: Pseudoazurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2213
ポリマ－13,0651
非ポリマー1562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area6010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.540, 59.030, 54.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Pseudoazurin / Blue copper protein


分子量: 13064.918 Da / 分子数: 2 / 変異: M16Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Achromobacter cycloclastes (バクテリア)
遺伝子: bcp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19567
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, 34% PEG4000, 45mg/mL Protein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→52.021 Å / Num. all: 29007 / Num. obs: 29007 / % possible obs: 80.8 % / 冗長度: 3.3 % / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.081 / Rsym value: 0.068 / Net I/av σ(I): 8.1 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 95447
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.46-1.543.30.357240590.2270.4250.35777.6
1.54-1.633.40.2483.137980.1560.2940.24876.8
1.63-1.753.40.23.735480.1250.2370.276.5
1.75-1.883.30.145.132850.0880.1650.1476.3
1.88-2.063.30.1116.130270.070.1320.11176.3
2.06-2.313.20.097.429330.0570.1070.0981.5
2.31-2.673.10.0748.728570.0470.0880.07488.8
2.67-3.263.40.05512.424970.0340.0640.05592.4
3.26-4.623.40.0416.619540.0250.0480.0492.8
4.62-28.2873.10.03319.310490.0210.0390.03388.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.53
最高解像度最低解像度
Rotation28.29 Å1.65 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YL4

4yl4


解像度: 1.46→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.443 / SU ML: 0.054 / SU R Cruickshank DPI: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.086
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1906 1469 5.1 %RANDOM
Rwork0.1457 ---
obs0.1481 27501 79.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 64.97 Å2 / Biso mean: 16.111 Å2 / Biso min: 6.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.46→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1834 0 14 330 2178
Biso mean--19.66 28.59 -
残基数----248
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0191905
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1221.9712577
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07434297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.85252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.69926.11172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.90615315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.173152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02385
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.498 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 85 -
Rwork0.233 1962 -
all-2047 -
obs--76.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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