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万見
- PDB-5yzk: Solution structure of LysM domain from a chitinase derived from V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yzk
タイトルSolution structure of LysM domain from a chitinase derived from Volvox carteri
要素Chitinase, lysozyme
キーワードHYDROLASE / lysin motif / chitin-specific / CBM50 / SUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Membrane-bound Lytic Murein Transglycosylase D; Chain A / LysM domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chitinase, lysozyme
類似検索 - 構成要素
生物種Volvox carteri f. nagariensis (植物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kitaoku, Y. / Nishimura, S. / Fukamizo, T. / Ohnuma, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JSPS16J10483 日本
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2019
タイトル: Structures and chitin-binding properties of two N-terminal lysin motifs (LysMs) found in a chitinase from Volvox carteri.
著者: Kitaoku, Y. / Nishimura, S. / Hirono, T. / Suginta, W. / Ohnuma, T. / Fukamizo, T.
履歴
登録2017年12月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月22日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase, lysozyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2901
ポリマ－5,2901
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3530 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Chitinase, lysozyme / LysM


分子量: 5290.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Volvox carteri f. nagariensis (植物)
遺伝子: chi4, VOLCADRAFT_127242 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D8UFB5
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HN(CA)CO
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HN(CA)CB
1122isotropic13D 1H-15N NOESY
1112isotropic13D 1H-15N TOCSY
1142isotropic13D HBHACBCACONH
2103isotropic12D 1H-13C HSQC
293isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
283isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
273isotropic13D (H)CCH-TOCSY
263isotropic13D CCH-TOCSY
2133isotropic12D DQF-COSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1194 uM [U-13C; U-15N] LysM, 20 mM [U-2H] sodium acetate, 90% H2O/10% D2O13C,15N_sample_190% H2O/10% D2O
solution2359 uM [U-13C; U-15N] LysM, 20 mM [U-13C; U-15N] sodium acetate, 100% D2O13C,15N_sample_2100% D2O
solution3287 uM [U-13C; U-15N] LysM, 20 mM [U-2H] sodium acetate, 100% D2O13C,15N_sample_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
194 uMLysM[U-13C; U-15N]1
20 mMsodium acetate[U-2H]1
359 uMLysM[U-13C; U-15N]2
20 mMsodium acetate[U-13C; U-15N]2
287 uMLysM[U-13C; U-15N]3
20 mMsodium acetate[U-2H]3
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
120 mM13C,15N_sample_H2O51 atm300 K
220 mM13C,15N_sample_D2O51 atm300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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