PDB-5yyn: Crystal structures of E.coli arginyl-trna synthetase (argrs) in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yyn

タイトル

Crystal structures of E.coli arginyl-trna synthetase (argrs) in complex with substrate TRNA(Arg)

要素

Arginine--tRNA ligase
TRNA

キーワード

LIGASE/RNA / BACTERIAL AMINOACYL-TRNA SYNTHETASES / TRNA ARGINYLATION / DEGENERATED CLASS I SIGNATURE SEQUENCES / TRNA(ARG) IDENTITY ELEMENTS / CONFORMATIONAL ADAPTATION / LIGASE-RNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

arginine-tRNA ligase / arginine-tRNA ligase activity / arginyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Zhou, M. / Ye, S. / Stephen, P. / Zhang, R.G. / Wang, E.D. / Giege, R. / Lin, S.X.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structures Of E.Coli Arginyl-Trna Synthetase (Argrs) In Complex With Substrates
著者: Zhou, M. / Ye, S. / Stephen, P. / Zhang, R.G. / Wang, E.D. / Giege, R. / Lin, S.X.

履歴

登録	2017年12月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yyn.cif.gz	600.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yyn.ent.gz	492.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yyn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5yyn_validation.pdf.gz	485.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yyn_full_validation.pdf.gz	508.8 KB	表示
XML形式データ	5yyn_validation.xml.gz	43.2 KB	表示
CIF形式データ	5yyn_validation.cif.gz	60 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/5yyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/5yyn	HTTPS FTP

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関連構造データ

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Arginine--tRNA ligase

B: TRNA

C: Arginine--tRNA ligase

D: TRNA

181 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Arginine--tRNA ligase

B: TRNA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Arginine--tRNA ligase

D: TRNA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	102.241, 102.241, 480.567
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Arginine--tRNA ligase / Arginyl-tRNA synthetase / ArgRS 分子量: 65775.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: argS, b1876, JW1865 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11875, arginine-tRNA ligase
#2: RNA鎖	TRNA 分子量: 24823.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1241824586
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.26 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M NA3C6H5O7, 1.95M (NH4)2SO4, PH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.03988 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月14日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03988 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 53802 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 10.5 % / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 71.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BS2

1bs2

解像度: 3→33.15 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.38

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	2722	5.06 %
R_work	0.22	-	-
obs	0.223	53802	95.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→33.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8773	2718	0	32	11523

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11966
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.672	16800
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.993	4843
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1984
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1700

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.0546	0.4288	119	0.3648	1865	X-RAY DIFFRACTION	68
3.0546-3.1133	0.3806	111	0.3463	2307	X-RAY DIFFRACTION	80
3.1133-3.1768	0.4068	149	0.3344	2619	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1768-3.2458	0.3411	143	0.3035	2737	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2458-3.3212	0.3106	151	0.2721	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3212-3.4042	0.3324	142	0.2795	2834	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4042-3.4961	0.3027	164	0.2611	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4961-3.5989	0.3389	179	0.2587	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5989-3.7149	0.2725	149	0.2427	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7149-3.8475	0.2657	133	0.2234	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8475-4.0013	0.2709	125	0.2156	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0013-4.1831	0.2781	170	0.2102	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1831-4.4031	0.2583	156	0.1948	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4031-4.6783	0.2062	151	0.1733	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6783-5.0384	0.2199	136	0.1773	2811	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0384-5.5433	0.24	156	0.2025	2788	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5433-6.3405	0.262	143	0.2161	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3405-7.97	0.2118	141	0.2055	2753	X-RAY DIFFRACTION	97
7.97-33.1483	0.2757	104	0.212	2220	X-RAY DIFFRACTION	78

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0269	0.6013	0.2895	1.5577	0.7478	1.7064	0.0735	0.0429	-0.0493	-0.4297	-0.109	-0.2674	-0.2828	0.3054	-0.7373	0.5775	0.1263	0.1728	0.7087	0.0269	0.6329	62.4201	6.4694	41.4644
2	1.0113	-0.2443	0.5762	1.2374	0.4762	0.6353	-0.053	0.1204	-0.038	-0.2736	0.1477	-0.2759	-0.1896	0.5223	0.0651	0.5183	-0.0997	0.2146	1.0567	0.0643	0.6786	76.6129	17.2144	46.9673
3	-0.0513	0.4036	0.1006	-0.2321	0.0187	0.0665	0.2233	-0.3308	0.1569	0.1188	-0.3022	0.0681	-0.0594	-0.0707	0	0.5082	0.0747	0.1166	0.9185	-0.1116	0.6887	47.6112	18.5134	61.519
4	0.4971	0.5942	-0.1278	0.9069	0.3556	0.9098	0.038	-0.0082	0.0746	-0.0461	-0.1512	0.1886	0.0389	0.0199	-0.0102	0.338	0.1629	0.1458	0.769	-0.0135	0.5718	44.1904	-4.0957	48.0305
5	-0.1876	0.4317	0.2973	0.1895	-0.3092	0.408	-0.0602	0.1743	0.1387	-0.3982	-0.1567	-0.0561	-0.3513	-0.0059	0.0001	0.9371	0.1918	0.0078	1.0075	-0.0215	0.773	50.7864	19.3337	32.3081
6	-0.0882	-0.1374	0.0074	0.0314	0.0044	-0.0217	0.8759	0.0622	0.1318	-0.0252	-0.012	0.3294	0.4139	0.3737	-0.0001	0.9335	0.0625	0.0977	1.6108	-0.1636	0.8994	34.9088	13.7228	41.4585
7	-0.0057	-0.1537	-0.0962	0.0816	0.1004	0.0531	0.3718	0.502	-0.1696	-0.427	0.1666	-0.0867	0.0384	-0.4045	0	1.3314	-0.0712	-0.1616	1.8276	0.1421	1.6245	29.0731	15.1719	34.5412
8	0.4347	-0.4277	-0.1118	-0.0809	-0.7193	0.0783	-0.1247	0.184	0.0997	0.0306	-0.2669	-0.1754	-0.0951	0.2655	0.0002	1.1387	0.3002	-0.0754	1.1392	0.1901	0.7102	55.6562	27.2905	26.6796
9	0.602	-0.2757	0.1142	1.2048	-0.3281	0.7683	0.1051	-0.0535	-0.0562	0.2593	-0.093	0.2075	-0.1626	-0.1109	-0.6335	0.4708	-0.1634	0.1839	0.5732	0.0157	0.4208	42.8042	1.384	103.2375
10	0.1123	0.1667	0.6272	0.876	-0.9926	0.8291	0.1127	0.1377	0.0018	0.118	0.072	0.2563	-0.3343	-0.7283	-0.2749	0.509	0.2058	0.2276	1.1063	-0.056	0.5946	23.9283	18.7619	88.8214
11	0.2425	-0.3426	0.1366	0.7255	-0.3843	0.7913	0.0627	0.0729	0.067	0.0887	-0.2465	-0.1212	-0.0733	0.188	-0.1208	0.3499	-0.1646	0.1349	0.7413	0.0044	0.5454	56.6552	0.3421	89.7051
12	0.3719	1.0072	0.5227	0.8247	0.1256	0.1649	-0.1343	-0.1232	0.2192	0.3796	-0.2486	0.0089	-0.2686	0.0882	0.0001	0.9292	-0.1699	0.0227	1.1109	-0.0557	0.8142	51.4544	19.3208	107.4351
13	-0.0905	0.0864	-0.0038	0.0747	0.0303	-0.035	1.1448	0.0581	0.1084	0.1987	0.5408	-0.0776	-0.058	-0.3481	-0.0001	0.9276	-0.0236	0.1254	1.5739	0.0362	0.9494	67.4001	13.651	98.3377
14	0.0012	0.0057	-0.0363	0.0275	-0.0256	0.0181	-0.2065	-0.1027	0.0059	-0.0191	0.2675	-0.1031	0.1768	0.237	-0	2.4742	0.1774	-0.682	2.6187	-0.0639	2.604	77.0404	7.271	97.75
15	0.7281	1.0431	0.6701	0.2032	1.2136	0.4351	-0.0525	-0.1494	0.0639	0.2509	-0.1351	0.1449	-0.2581	-0.0344	0	1.1109	-0.2757	-0.0203	1.1562	-0.1315	0.788	49.5626	26.28	112.5894

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:221 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 222:373 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 374:408 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 409:577 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 901:922 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 923:928 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 929:948 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 949:975 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN C AND RESID 1:183 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN C AND RESID 184:362 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN C AND RESID 363:577 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN D AND RESID 901:922 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN D AND RESID 923:928 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN D AND RESID 940:944 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN D AND RESID 945:975 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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