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- PDB-5ytl: Crystal structure of Geobacillus thermodenitrificans copper-conta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ytl
タイトルCrystal structure of Geobacillus thermodenitrificans copper-containing nitrite reductase determined with an anaerobically manipulated crystal
要素Copper-containing nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / copper / nitrite reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like ...Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / COPPER (II) ION / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.401 Å
データ登録者Fukuda, Y. / Matsusaki, T. / Tse, K.M. / Mizohata, E. / Murphy, M.E.P. / Inoue, T.
資金援助 日本, カナダ, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science 日本
The Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada カナダ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Crystallographic study of dioxygen chemistry in a copper-containing nitrite reductase from Geobacillus thermodenitrificans.
著者: Fukuda, Y. / Matsusaki, T. / Tse, K.M. / Mizohata, E. / Murphy, M.E.P. / Inoue, T.
履歴
登録2017年11月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1379
ポリマ－35,5231
非ポリマー6148
水5,531307
1
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,41227
ポリマ－106,5693
非ポリマー1,84224
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area11230 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area28210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.314, 115.314, 84.534
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

CU

21A-788-

HOH

31A-801-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Copper-containing nitrite reductase


分子量: 35523.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)
遺伝子: nirK, GTHT12_00198 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1W6VP04, nitrite reductase (NO-forming)

-
非ポリマー , 5種, 315分子

#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M acetate buffer pH 4.5, 6.0 % PEG 4000, 75mM CuSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 81993 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 22.5 Å2 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4135 / CC1/2: 0.723 / Rrim(I) all: 0.558 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.401→26.321 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 11.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1397 4050 4.94 %
Rwork0.1132 --
obs0.1145 81973 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.401→26.321 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2286 0 25 307 2618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052521
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8843458
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.152936
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088377
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4009-1.41730.21961570.19622686X-RAY DIFFRACTION99
1.4173-1.43460.24471270.18912697X-RAY DIFFRACTION100
1.4346-1.45280.19671400.17762733X-RAY DIFFRACTION100
1.4528-1.47190.19461400.16222679X-RAY DIFFRACTION100
1.4719-1.49210.15741390.14972668X-RAY DIFFRACTION100
1.4921-1.51340.1651220.14212743X-RAY DIFFRACTION100
1.5134-1.5360.18371680.13832695X-RAY DIFFRACTION100
1.536-1.560.14791410.12882697X-RAY DIFFRACTION100
1.56-1.58550.15521430.11532667X-RAY DIFFRACTION100
1.5855-1.61290.15771450.11332700X-RAY DIFFRACTION100
1.6129-1.64220.16091600.10582696X-RAY DIFFRACTION100
1.6422-1.67380.13061510.10122690X-RAY DIFFRACTION100
1.6738-1.70790.11881390.09312679X-RAY DIFFRACTION100
1.7079-1.74510.13451450.09132734X-RAY DIFFRACTION100
1.7451-1.78570.131260.08832683X-RAY DIFFRACTION100
1.7857-1.83030.1181460.08952684X-RAY DIFFRACTION100
1.8303-1.87980.11911160.08832734X-RAY DIFFRACTION100
1.8798-1.93510.11551290.08752692X-RAY DIFFRACTION100
1.9351-1.99750.10591310.09242716X-RAY DIFFRACTION100
1.9975-2.06890.10981230.09462725X-RAY DIFFRACTION100
2.0689-2.15170.12051420.09552653X-RAY DIFFRACTION100
2.1517-2.24950.14271500.10182672X-RAY DIFFRACTION99
2.2495-2.36810.12921170.10862699X-RAY DIFFRACTION99
2.3681-2.51630.14071410.11542701X-RAY DIFFRACTION99
2.5163-2.71040.14831320.1272662X-RAY DIFFRACTION99
2.7104-2.98290.16861610.12442680X-RAY DIFFRACTION99
2.9829-3.41370.13691110.11382668X-RAY DIFFRACTION98
3.4137-4.29790.1191610.10722614X-RAY DIFFRACTION98
4.2979-26.32540.14821470.12572576X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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